ศจ. บุญต๋วน บุญอิต ล้มป่วยด้วยโรคอหิวาตกโรค เนื่องจากท่านลงมือดำน้ำในคลองน้ำสาทร เพื่อคัดเลือกไม้สำหรับใช้ในการก่อสร้างด้วยตนเอง จนเสียชีวิตด้วยโรคอหิวาต์ท่ามกลางงานก่อสร้างที่ยังไม่สำเร็จ ศจ.บุญต๋วน บุญอิต เสียชีวิตภายใน 10 วัน เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม 1903 รวมสิริอายุได้ 39 ปี ดร.เจ เอ เอกิ้น บันทึกเหตุการณ์ในวันนั้นไว้ว่า “เรายังจดจำได้ว่า เป็นคืนที่น่าหวาดกลัวยิ่ง เมื่อวิญญาณจะต้องจากไปในท่ามกลางความวิปริตของธรรมชาติ แต่ภรรยาและมารดารที่ดี นางกิมฮ๊อกได้ตั้งอยู่ในความสงบ และชุมนุมบรรดามิตรสหายในห้องรับแขกเล็ก ๆ ร้องเพลงแสดงความเชื่อของคริสเตียน ความหวัง และความประเล้าประโลมใจตลอดเวลาที่พายุแรงจัดกำลังพัดกระพืออย่างหนักทุกคนได้ร้องเพลงหลายบท” เช่น เพลงพระคุณพระเจ้า

การเสียชีวิตของศาสนาจารย์บุญต๋วน บุญอิต ทำให้ความหวังของมิชชันนารีที่จะปลูกสร้างคริสตจักรที่เป็นของชนชาวไทยได้ลดลง ในปี 1902 ศาสนาจารย์บุญต๋วน บุญอิตได้กล่าวสุนทรพจน์ต้อนรับ อาร์เธอร์ เจ บราวน์ มีใจความบางตอนดังต่อไปนี้คือ “ควรที่จะได้ตระหนักอย่างแท้จริงว่า ประชาชนของเราสมควรที่จะมีการจัดการในกิจกรรมของตนเอง ทั้งในด้านศาสนาและกิจกรรมอื่น ๆ โดยปราศจากการครอบงำของต่างชาติ แต่...มิใช่ว่าเราจะวางแผนที่จะยึดกุมอำนาจการควบคุมปกครองเอาไว้” แม้ว่าจะเป็นคำเรียกร้องที่ยังไม่ได้มีการตอบสนองปรากฏออกมาอย่างเด่นชัด แต่ก็แสดงให้เห็นว่าคริสเตียนไทยบางคนเริ่มมีจิตสำนึกที่จะรับผิดชอบงานพันธกิจด้วยตัวเอง

ในนเวลาต่อมามิชชันนารีเพรสไบทีเรียน ได้มอบความรับผิดชอบทั้งสิ้นในงานพันธกิจและทรัพย์สินทั้งปวงไว้กับคนไทย ในปี ค.ศ. 1934 สภาคริสตจักรในประเทศไทย ถูกตั้งขึ้นและ องค์การมิชชันคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียน (American Presbyterian Mission) สลายตัวลงในวันที่ 16 สิงหาคม ค.ศ. 1957 โดยมอบหมายการดำเนินพันธกิจให้อยู่ภายใต้อำนาจของสภาคริสตจักรฯ โดยตรง มิชชันนารีเปลี่ยนฐานะเป็นภารดรผู้ร่วมงาน ปัจจุบันนี้สภาคริสตจักรในประเทศไทยยังสนใจในการประกาศพระกิตติคุณของพระเยซูต่อไปโดยได้ตั้งกองการเผยแพร่พระกิตติคุณขึ้นในปี 1956