ศาสนาจารย์บุญต๋วนเริ่มงานประกาศพระกิตติคุณที่จังหวัดพิษณุโลก ในเวลานั้นไม่มีรถไฟไปถึงพิษณุโลกได้ จึงต้องเดินทางด้วยเรือซึ่งต้องใช้เวลาประมาณ 6 สัปดาห์ หรือ 3 เดือน แล้วแต่ฤดูกาล สมัยนั้นพิษณุโลกยังอยู่ในสภาพบ้านนอกคอกนา ท่านเป็นผู้บุกเบิกสำหรับพระกิตติคุณของพระเยซูคริสต์ ด้านการศึกษามีการตั้งโรงเรียนผดุงราษฎร์สำหรับเด็กชาย และโรงเรียนผดุงนารีสำหรับเด็กหญิง ต่อมาได้มีการรวมโรงเรียนทั้งสองเข้าด้วยกันเป็นโรงเรียนผดุงราษฎร์ สังกัดกองการศึกษามูลนิธิสภาคริสตจักรแห่งประเทศไทย และคริสตจักรคริสตคุณานุกูล

ศาสนาจารย์บุญต๋วน บุญอิต พานักเรียนไปเดินทางไกลและสอนวิชาให้อย่างดี ปี ค.ศ. 1902 ดร. อาร์เธอร์ เจ บราวน์ (Arthur J. Brown) เลขาธิการใหญ่ของมิชชันนารีบอร์ดจากนครนิวยอร์ก ต้องการให้มีโบสถ์ใกล้ๆ โรงเรียนกรุงเทพคริสเตียน จึงเรียกศาสนาจารย์บุญต๋วน บุญอิต ให้กลับมาที่บางกอก ท่านอาจารย์บุญต๋วนจึงมอบหมายงานให้อาจารย์เทียนเป้า รับผิดชอบโรงเรียนผดุงราษฎร์ต่อไป ส่วนท่านกลับลงมาทำงานที่กรุงเทพและท่านได้ขนไม้จากแม่น้ำ เพื่อนำมาสร้างอาคารคริสตจักร ท่านเริ่มงานที่บางกอก โดยเช่าบ้านอยู่ใกล้กับโรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย บ้านของท่านกลายเป็นศูนย์กลางของนักเรียนนักศึกษาและปัญญาชน มีห้องประชุมเล็ก ๆ ห้องสมุด และห้องนั่งเล่น ที่เปิดต้อนรับทุกคน ท่านได้เริ่มและเผยแพร่งานของ YMCA ที่จะให้เกิดขึ้นในกรุงเทพฯ ที่ถนนวรจักร เพื่อเป็นศูนย์กลางของเยาวชน การกีฬา และงานสังคมสงเคราะห์ต่าง ๆ ขึ้น ซึ่งความคิดนี้ใหม่มาก และเหมาะสมกับบางกอกที่กำลังเจริญเติบโต โดยได้รับการสนับสนุนจากสมาคม YMCA ของสหรัฐอเมริกาที่ท่านเป็นสมาชิกอยู่