การตั้งถิ่นฐานครั้งแรกในดินแดนบูดาเปสต์มีขึ้นโดยชาวเคลต์ ก่อนคริสต์ศตวรรษที่ 1 ต่อมาดินแดนแห่งนี้ได้ถูกครอบครองโดยจักรวรรดิโรมัน การตั้งถิ่นฐานของชาวโรมันจึงมีขึ้นในแถบนี้ ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นการบันทึกทางประวัติศาสตร์ที่เป็นลายลักษณ์อักษร ในพื้นที่กรุงบูดาเปสต์ในปัจจุบัน โดยได้เริ่มมีการบันทึกโดยกองทหารโรมัน จักรวรรดิโรมันได้ก่อตั้งเมืองชื่อว่า เมืองอาควินคุม (Aquincum) ซึ่งกลายเป็นเมืองหลักของแคว้นพันโนเนียล่าง (Pannonia Inferior)โดยมีชื่อเมืองว่า อาควินคุม (Aquincum) ซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อประมาณ ค.ศ.89 บนฝั่งตะวันตกของแม่น้ำดานูบ (ในพื้นที่โอบูดอ (Óbuda) ในปัจจุบัน) เมืองอาควินคัมจาก ค.ศ.106 ถึงต้นศตวรรษที่ 4 อาควินคุมกลายเป็นศูนย์กลางของแคว้นพันโนเนีย (Pannonia) ตอนล่าง ชาวโรมันสร้างถนน อัฒจันทร์ ห้องอาบน้ำ และ บ้านที่มีพื้นอุ่น ภายในค่ายทหารที่มีป้อมปราการแห่งนี้ โดยมีประชากรประมาณ 20,000 คน บางครั้งจักรพรรดิโรมันก็ไปเยี่ยมชมพระราชวังของผู้ว่าการรัฐที่สร้างขึ้นบนเกาะโอบูดอ (Óbuda-sziget) ในปัจจุบัน ในพื้นที่ของเมืองบูดาเปสต์ปัจจุบัน มีซากปรักหักพันซึ่งเคยเป็นที่ตั้งค่ายเสริมของจักรวรรดิโรมันหลายแห่ง (เช่น อาเบร์ทฟอลวอ (Albertfalva), คัมโปนา (Campona)) และป้อมปราการต่อต้าน (เช่น คอนตรา-อาควินคุม (Contra-Aquincum)) เมืองอาควินคุมของโรมันเป็นเมืองโรมันที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้อย่างดีที่สุดในฮังการี โบราณสถานแห่งนี้กลายเป็นพิพิธภัณฑ์ที่มีส่วนด้านในแบบเปิดโล่ง

ชนเผ่าฮังการีที่นำโดยผู้นำเผ่าอาร์พาด (Árpád) เดินทางบนหลังม้าออกจากบ้านเกิดเดิมทางตอนเหนือของบัลแกเรีย (เดิมต้นตระกูลของเผ่าฮังการี อยู่ในแถบเทือกเขาอูรัลในไซบีเรีย) โดยซาร์ซิเมียน (Tsar Simeon) หลังจากการรบที่บูห์ตอนใต้ (Battle of Southern Buh) ได้เข้ามาตั้งรกรากในดินแดนนี้ช่วงปลายศตวรรษที่ 9 โดยแทนที่ผู้ตั้งถิ่นฐานชาวบัลแกเรียที่ตั้งถิ่นฐานในเมืองบูดาและเมืองแป็ชต์ และอีกหนึ่งศตวรรษต่อมา ชาวฮังการีจึงได้ก่อตั้งราชอาณาจักรฮังการีอย่างเป็นทางการ [18] การวิจัยระบุว่าที่อยู่อาศัยของราชวงศ์อาร์พาด (Árpád dynasty) เป็นจุดเริ่มต้นของอำนาจศูนย์กลางใกล้กับเขตกรุงบูดาเปสต์ในปัจจุบัน จากข้อมูลของอาโนนิมุส (Anonymus) หลังจากการพิชิตที่ราบพันโนเนีย ผู้นำเผ่าฮังการี นามว่า อาร์พาด (Árpád) ได้เลือกบูดอวาร็อต (Budavárat) อดีตเมืองของอัลติลาเดอะฮุน ผู้เป็นต้นตระกูล ให้เป็นที่พักของชนเผ่าของเขาเนื่องจากที่ตั้งทางภูมิศาสตร์เป็นศูนย์กลางของแอ่งที่ราบ ผู้นำเผ่าอาร์พาดถูกฝังที่นี่ในปี ค.ศ.907 ในแฟเฮแร็จฮาซ (Fehéregyház) ที่อยู่ใกล้เคียงกับปราสาทบูดอวาร์ ในปัจจุบัน บูดอวาร็อตเชื่อกันว่าอยู่ในเขตโอบูดอ (Óbuda) (แม้ว่าจะมีนักโบราณคดีบางคนที่ระบุว่าอยู่ที่ แป็ชต์ฮิแด็กคูต Pesthidegkút หรือในเทือกเขาปิลิช (Pilis hegység) ที่อยู่ใกล้เคียงก็ตาม)

กรุงบูดาเปสต์มีตำนานของบิชอปนามว่า แกลเลิร์ต (Bishop Gellért) ผู้ถูกลอบสังหารโดยกลุ่มกบฏนอกรีต ข้างภูเขาแกลเลิร์ต (Gellért-hegy) (หรือชื่อเดิมคือภูเขาแป็ชต์) โดยตามตำนานเขาแทงและถูกกระแทกลงมาจากเนินเขาในถังไม้

การรุกรานของเผ่าตาตาร์ในศตวรรษที่ 13 ทำให้ชาวฮังการีได้ตระหนักถึงความสำคัญในการปกป้องพรมแดนของที่ราบพันโนเนียให้แน่นหนายิ่งขึ้น กษัตริย์เบลอที่ 4 แห่งฮังการี จึงโปรดเกล้าฯให้สร้างกำแพงหินเสริมรอบเมืองต่างๆ และตั้งพระราชวังของพระองค์เองไว้บนยอดเนินเขาบูดอ ในปี ค.ศ. 1361 กรุงบูดาจึงได้กลายเป็นเมืองหลวงของฮังการีอย่างเป็นทางการนับแต่นั้น บทบาททางวัฒนธรรมของบูดอมีความสำคัญอย่างยิ่งในรัชสมัยของกษัตริย์แมทเธียส คอร์วินุส (Matthias Corvinus) โดยวัฒนธรรมในยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาของอิตาลี มีอิทธิพลอย่างมากต่อการพัฒนาทางศิลปวัฒนธรรมในกรุงบูดาเปสต์ ห้องสมุดของกษัตริย์แมทเธียส คอร์วินุส ที่มีชื่อว่า บิบลิโอเธกา คอร์วิเนียนา (Bibliotheca Corviniana) เป็นแหล่งรวบรวมพงศาวดารประวัติศาสตร์และผลงานทางปรัชญาและวิทยาศาสตร์ที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของยุโรปในศตวรรษที่ 15 และมีขนาดเป็นอันดับสองรองจากหอสมุดวาติกันเท่านั้น หลังจากการก่อตั้งมหาวิทยาลัยฮังการีแห่งแรกในเมืองเปช ในปี ค.ศ.1367 (มหาวิทยาลัยเปช University of Pécs) มหาวิทยาลัยแห่งที่สองได้รับการจัดตั้งขึ้นในโอบูดอ (Óbuda) ในปี ค.ศ.1395 (มหาวิทยาลัยโอบูดอ University of Óbuda) หนังสือฮังการีเล่มแรกพิมพ์ในบูดอในปี ค.ศ. 1473 บูดอมีประชากรประมาณ 5,000 คน ในปี ค.ศ.1500 ในปี ค.ศ.1686 จักรวรรดิออตโตมันพิชิตบูดอได้ในในปี ค.ศ.1526 และ1529 จนในที่สุดก็เข้ายึดครองในปี ค.ศ.1541 การปกครองของจักรวรรดิออตโตมันกินเวลานานกว่า 150 ปี ชาวเติร์กได้สร้างสถานที่อาบน้ำที่โดดเด่นมากมายภายในเมือง ห้องอาบน้ำบางแห่งที่ชาวเติร์กสร้างขึ้นระหว่างการปกครอง ยังคงใช้งานได้ในอีก 500 ปีต่อมา เช่น โรงอาบน้ำรูดอช (Rudas Baths) และ โรงอาบน้ำคิราย (Király Baths) ในปี ค.ศ.1547 จำนวนชาวคริสเตียนในเขตบูดาเปสต์ ลดลงเหลือหลักพัน และในปี ค.ศ.1647 ก็ลดลงเหลือเพียงประมาณ 70 คน ส่วนทางตะวันตกของที่ราบที่ไม่มีคนปกครอง ได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของราชวงศ์ฮับส์บูร์กในฐานะราชวงศ์ผู้ปกครองฮังการี

ในปี ค.ศ.1686 สองปีหลังจากการปิดล้อมบูดอที่ไม่ประสบความสำเร็จ การบุกครั้งใหม่ได้เริ่มขึ้น เพื่อยึดคืนเมืองหลวงของฮังการี คราวนี้กองทัพของโฮลีลีก (Holy League) มีขนาดใหญ่เป็นสองเท่าโดยมีทหารกว่า 74,000 คน ประกอบด้วย ชาวเยอรมัน โครเอเชีย ดัตช์ ฮังการี อังกฤษ สเปน เช็ก อิตาลี ฝรั่งเศส เบอร์กันดี เดนมาร์ก และ สวีเดน รวมทั้งชาวยุโรปอื่น ๆ ในฐานะทหารอาสาสมัคร ทหารปืนใหญ่และเจ้าหน้าที่ กองกำลังชาวคริสต์ได้ยึดเมืองบูดอ และในอีกไม่กี่ปีข้างหน้า ดินแดนฮังการีในอดีตทั้งหมดยกเว้นพื้นที่ใกล้เมืองทิมิโซอารา ได้ถูกยึดคืนจากพวกเติร์กทั้งหมด มีการลงนามยินยอมคืนดินแดนที่ราบพันโนเนีย ในสนธิสัญญาคาร์โลวิทซ์ (Karlowitz) ในปี ค.ศ.1699 เป็นยอมรับอย่างเป็นทางการว่าแสดงการสิ้นสุดการปกครองที่ราบพันโนเนียของจักรวรรดิออตโตมัน และในปี ค.ศ. 1718 ราชอาณาจักรฮังการีทั้งหมด รวมทั้งเมืองทิมิโซอารา ก็เป็นอิสระจากการปกครองของพวกออตโตมันในที่สุด