กระบวนการผลิตบูดูนั้นเริ่มด้วยการนำปลาทะเลสด ซึ่งอาจจะใช้ปลาชนิดใดก็ได้ แต่ผู้ผลิตบูดูในอำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานีจะนิยมใช้ปลากะตัก เพราะจะได้บูดูที่มีกลิ่น และรสชาติดี โดยผู้ผลิตจะซื้อปลากะตักจากชาวประมงที่กลับเข้าฝั่งในตอนเช้า หลังจากนั้นจึงนำปลากะตักมาล้างให้สะอาด (ผู้ผลิตบางรายจะไม่ทำการล้างปลา โดยให้เหตุผลว่า จะทำให้รสชาติและกลิ่นของบูดูเสียไป และกระบวนการหมักจะช่วยให้บูดูสะอาดเองตามธรรมชาติ นอกจากนี้ผู้บริโภคก็จะนำบูดูไปปรุงก่อนบริโภคอยู่แล้ว) ใส่กระบะไม้ขนาดประมาณ 0.5 x 2 เมตร แล้วเติมเกลือสมุทรประเภทหยาบลงไป โดยใช้อัตราส่วน ปลากะตักต่อเกลือ 3:1 โดยน้ำหนัก หลังจากนั้นจะทำการคลุกให้เข้ากันโดยใช้ไม้พาย เมื่อคลุกปลากะตักกับเกลือให้เข้ากันได้ที่ดีแล้ว ก็จะนำไปใส่ในโอ่งดินหรือบ่อซิเมนต์ ซึ่งชาวบ้านเรียกว่า "บ่อบูดู" มีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ 1 เมตร สูง 1 เมตร แล้วใช้กระสอบปุ๋ยหรือผ้าคลุมปิดไว้ เพื่อคอยให้ปลานั้นยุบตัวลงไปอีก (สาเหตุที่ต้องคอยให้ปลายุบตัวลงไป เพราะว่าในการหมักจะต้องพยายามให้มีอากาศเข้าไปในบ่อบูดูน้อยที่สุด) แล้วจึงเติมปลาและเกลือที่คลุกแล้วลงไปอีก จนเกือบเต็ม โดยจะเว้นปริมาตรบางส่วนของบ่อบูดูไว้เพื่อเผื่อก๊าซที่เกิดจากการหมักดันฝาปิดบ่อบูดู เมื่อปลาในบ่อบูดูอัดแน่นดีแล้วจึงทำการปิดบ่อบูดูให้มิดชิดด้วยกระสอบเกลือ แล้วไม้ไผ่สาน หรือกระเบื้องหลังคาปิดทับอาจใช้วัตถุหนักทับไว้ ระยะเวลาการหมักจะใช้เวลาประมาณ 8-12 เดือน โดยในช่วงระหว่างการหมักจะไม่มีการเปิดบ่อบูดูเลย และจะต้องพยายามไม่ให้น้ำเวลาฝนตกเข้าไปในบ่อบูดู จะทำให้บูดูมีสีดำ และมีกลิ่นเหม็น

เมื่อครบกำหนดเวลาผู้ผลิตจะเปิดบ่อบูดูซึ่งจะมีน้ำบูดูและเนื้อบูดูปะปนกันอยู่ในบ่อบูดู ในการนำบูดูออกจากบ่อบูดูจะทำโดยการเปิดฝาที่ครอบบ่อบูดู และเอาไม้ไผ่ที่สานออก ตักเกลือที่อยู่บนกระสอบเกลือออก แล้วนำกระสอบเกลือออก นำแกลอนพลาสติกที่เปิดหัวเปิดท้าย ใส่ลงไปในเนื้อบูดูในบ่อบูดู ตักเนื้อบูดูที่อยู่ในแกลอนพลาสติกออกเพื่อให้เหลือแต่น้ำบูดู และน้ำบูดูจะไหลเข้ามาภายในแกลอนพลาสติก โดยมีเนื้อบูดูปะปนเข้ามาบ้างเล็กน้อย แล้วจึงใช้ภาชนะตักน้ำบูดูในแกลอนพลาสติกขึ้น เพื่อนำไปบรรจุในภาชนะ ส่งต่อให้ผู้จัดจำหน่ายต่อไป โดยบูดูที่มีน้ำบูดูเป็นส่วนใหญ่จะเรียกว่า "บูดูใส" ส่วนน้ำบูดูที่มีเนื้อบูดูที่เหลือปะปนในบ่อจะนำไปผลิตเป็น"บูดูข้น" ในการหมักปลากะตัก 450 กิโลกรัมจะได้บูดูประมาณ 400 ลิตร นอกจากนี้เนื้อบูดูที่เหลือจะเอาไปผสมกับน้ำเกลือเพื่อทำบูดูที่มีคุณภาพรองลงมา