รองศาตราจารย์ ดร.ปณิธาน วัฒนายากร มีผลงานทางวิชาการ งานวิจัย งานแปล ในด้านการทหาร การเมือง การต่างประเทศ และอาเซียน ตีพิมพ์และเผยแพร่ทั้งในและต่างประเทศ ในวารสาร Pacific Review, Journal of Strategic Studies โดยมหาวิทยาลัย Stanford, East-West Center, Stockholm International Peace Research Institute, Institute of Southeast Asian Studies, ศูนย์ยุโรปศึกษา จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย สถาบันเพื่อการพัฒนาประเทศไทย และสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ

ดร.ปณิธาน มีรายวิชาสอนที่คณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ดังนี้

• การต่างประเทศของไทยในการโลกเมืองสมัยใหม่ (Thai Foreign Relations in Modern World Politics)
• ประเด็นปัญหาความมั่นคงในกลุ่มประเทศกำลังพัฒนา (Security Issues in Developing Countries)
• การเจรจาต่อรองระหว่างประเทศ (International Negotiation)
• โลกาภิวัฒน์กับการเมืองโลก (Globalization and World Politics)
• เศรษฐศาสตร์การเมืองเรื่องอาวุธ (Political Economy of Weapons)
• นโยบายป้องกันประเทศเปรียบเทียบ (Comparative Defense Policy)

ดร.ปณิธาน ได้รับแต่งตั้งให้เป็นอาจารย์พิเศษในตำแหน่ง ศาสตราจารย์อาคันตุกะ (C.V. Starr Distinguished Visiting Professor) ที่ The Paul H. Nitze School of Advanced International Studies (SAIS) แห่ง มหาวิทยาลัยจอนส์ฮอปกินส์ (Johns Hopkins University) ในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. ในปีพ.ศ. 2549