รองศาสตราจารย์ ดร.ปณิธาน วัฒนายากร เกิดที่อำเภอเบตง จังหวัดยะลา เป็นบุตรของ นายมงคลและนางประณีต วัฒนายากร ในตระกูลใหญ่ของจังหวัดภาคใต้ตอนล่าง เป็นหลานของ นายสวัสดิ์ วัฒนายากร องคมนตรีในรัชกาลที่ 9 เป็นหลานปู่ของ ขุนธำรงพันธุ์ภักดี (ธำรง วัฒนายากร) คหบดีของจังหวัดปัตตานี และหลานย่าสร้อยทอง คณานุรักษ์ ซึ่งเป็นบุตรีคนที่ 2 ของ ขุนพิทักษ์รายา มีบรรพบุรุษต้นตระกูลคือ ปุ่ย แซ่ตัน ชาวจีนจากฮกเกี้ยน[7] ซึ่งต่อมาได้รับการแต่งตั้งเป็น หลวงสำเร็จกิจกรจางวาง[8]เมืองปัตตานี มีทายาทคือ จูไล่ ตันธนาวัฒน์ ซึ่งต่อมาได้เป็น พระจีนคณานุรักษ์ นายอำเภอเมืองปัตตานี ต้นสกุลคณานุรักษ์[9]

ดร.ปณิธาน สูญเสียบิดาไปตั้งแต่เด็กจากเหตุการณ์ความรุนแรงในภาคใต้ และต้องย้ายถิ่นฐานมาเติบโตที่กรุงเทพมหานคร โดยมีพี่สาวชื่อ ดร.เมธินี เทพมณี อดีตปลัดกระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร และอดีตเลขาธิการ สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน มีน้องสาวชื่อ นางมนัญญา เบญจกุล ผู้ช่วยกรรมการผู้อำนวยการใหญ่ บริษัท ท่าอากาศยานไทย จำกัด และมีน้องชายเป็นนักธุรกิจชื่อ นายปิยวัชร วัฒนายากร ปัจจุบัน ดร.ปณิธาน แต่งงานแล้วกับนางสาวพิมพ์กาญจน์ ชนะรัตน์[10]มีบุตร 2 คน

การศึกษา

รองศาสตราจารย์ ดร.ปณิธาน วัฒนายากร เริ่มการศึกษาที่โรงเรียนถนอมศรีศึกษาอำเภอเบตง จังหวัดยะลา จบการศึกษาระดับประถมศึกษาจากโรงเรียนแสงทองวิทยา อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา ระดับมัธยมศึกษาจากโรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย และโรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา ระดับอุดมศึกษาจากมหาวิทยาลัยรามคำแหง ในสาขาศิลปศาสตร์บัณฑิต (รัฐศาสตร์) โดยใช้เวลาเรียนเพียง 3 ปี และได้ปริญญาโท ศิลปศาสตร์มหาบัณฑิต 2 ปริญญา ในด้านรัฐประศาสนศาสตร์ และด้านความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ จากมหาวิทยาลัยแอคครอน เมืองแอคครอน รัฐโอไฮโอ ประเทศสหรัฐอเมริกา และได้ปริญญาเอก ปรัชญาดุษฎีบัณฑิต จากมหาวิทยาลัยนอร์ทเทิร์นอิลลินอยส์ รัฐอิลลินอยส์ ประเทศสหรัฐอเมริกา วิชาเอก การเมืองเปรียบเทียบ วิชาโท รัฐประศาสนศาสตร์ และวิชาเฉพาะในด้าน นโยบายการป้องกันประเทศเปรียบเทียบ