รองศาสตราจารย์ ดร.ปณิธาน วัฒนายากร เป็นอาจารย์ในภาควิชาความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ คณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และเป็นประธานคณะกรรมการที่ปรึกษาด้านความมั่นคง ที่แต่งตั้งโดยนายกรัฐมนตรี เป็นที่ปรึกษาของสภาความมั่นคงแห่งชาติ เป็นกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ ด้านความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ ในคณะกรรมการการรักษาความมั่นคงปลอดภัยไซเบอร์แห่งชาติ[2]ในอดีตเคยเป็นที่ปรึกษารองนายกรัฐมนตรี ด้านความมั่นคง (พลเอกประวิตร วงษ์สุวรรณ)[3] เป็นที่ปรึกษาและกรรมการคณะกรรมการเตรียมการเพื่อสร้างความสามัคคีปรองดอง และเป็นกรรมการในคณะกรรมการจัดทำยุทธศาสตร์ชาติด้านความมั่นคง[4]ในรัฐบาลพลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชาเคยดำรงตำแหน่ง รองเลขาธิการนายกรัฐมนตรีฝ่ายการเมือง[5]และปฏิบัติหน้าที่โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ควบคู่กันในรัฐบาลนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะดร.ปณิธาน เป็นนักวิชาการทางด้านรัฐศาสตร์ ที่เชี่ยวชาญด้านการเมืองเปรียบเทียบ ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ ความมั่นคงศึกษา และการป้องกันประเทศเปรียบเทียบ เป็นที่ปรึกษาด้านความมั่นคงแก่รัฐบาลหลายสมัย ตั้งแต่รัฐบาลนายชวน หลีกภัย นายทักษิณ ชินวัตร พลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ และพลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา เป็นหนึ่งในผู้มีส่วนร่วมในการร่างพระราชบัญญัติการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร พ.ศ. 2551 [6] และร่วมจัดทำยุทธศาสตร์ชาติฉบับปัจจุบัน