พระธัมมปาละ ผู้รจนาระบุในอารัมภกถาของคัมภีร์ปรมัตถทีปนีไว้ว่า การรจนาในครั้งนี้ได้ ยึดถือตามคัมภีร์อรรถกถาของเดิมที่เป็นการวินิจฉัยของบุรพาจารย์ชาวสีหล โดยการเรียบเรียง หรือรจนาขึ้นใหม่โดยพระธัมมปาละ ยังยึดเอาหลักคำสอนของพระมหาเถระ แห่งคณะมหาวิหาร อันเป็นคณะสงฆ์กลุ่มหลักในสิงหลทวีป โดยเว้นข้อความที่มาซ้ำๆ ซากๆ จากอรรถกถาของเดิมเสีย [2]

เนื้อหาหลักของปรมัตถทีปนี เป็นการชี้แจงเนื้อหาในหมวดย่อยอุทาน-อิติวุตตกะ, วิมานวัตถุ-เปตวัตถุ, เถรคาถา-เถรีคาถา และจริยาปิฎก โดยยกศัพท์ที่ปรากฏในเนื้อความ มาอธิบายขยายความต่อในเชิงหลักธรรม เนื่องจากเนื้อหาของขุททกนิกายมักเป็นข้อความหรือคาถา หรือการกล่าวอุทานสั้นๆ ขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ดังนั้นจึงมีเนื้อหาหลายจุดที่กระชับเกินไป ทำให้ผู้ศึกษาพระธรรมไม่สามารถทำความเข้าใจได้อย่างถ่องแท้ได้ พระอรรถกถาจารย์จึงจ้องชี้แจงเพิ่มเติมในจุดต่างๆ โดยอาศัยทั้งข้อธรรม ภาษาศาสตร์ ขนบธรรมเนียมโบราณ ตำนาน นิทาน ประวัติศาสตร์ท้องที่ ประวัติพระสาวก และสุภาษิต เป็นต้น

ตัวอย่างเช่นในปฐมโพธิสูตร ในพระสุตตันตปิฎก หมวดขุททกนิกาย หมวดย่อยอุทาน โพธิวรรคที่ 1 ซึ่งว่าด้วยปฏิจจสมุปบาทเป็นอนุโลม และมีขนาดสั้นเพียงไม่ถึง 300 คำ (ตามฉบับแปลของพระไตรปิฎกมหามกุฏราชวิทยาลัย) [3] แต่พระอรรถกถาจารย์ได้สังวรรณนา หรือให้คำอธิบายโดยพิสดารและลึกซึ้ง เป็นจำนวนกว่า 20,000 คำ ทำการแจกแจงข้อธรรมต่างๆ อย่างกระจ่างแจ่มแจ้ง ไม่เพียงช่วยให้ผู้ศึกษาสามารถเข้าใจหลักธรรมได้อย่างชัดเจนขึ้นเท่านั้น แต่ยังแสดงถึงความลึกซึ้งของพระธรรมวินัยแห่งองค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า นอกจากนี้ ยังแสดงถึงความสามารถอันเอกอุของผู้รจนารรรถกถานี้อีกด้วย

ทั้งนี้ ชื่อคัมภีร์ปรมัตถทีปนี มิได้มีความเกียวข้องกับปรมัตถทีปนีฎีกา ซึ่งเป็นคัมภีร์ที่มีเนื้อหาอธิบายคัมภีร์อภิธัมมัตถสังคหะ และเกี่ยวเนื่องกับการวินิจฉัยทางหลักภาษามากกว่าหลักธรรม [4]