ประภาคารแหลมสิงห์หลังปัจจุบัน มีจุดเริ่มต้นแนวคิดเมื่อวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2447 หลังจากเสร็จสิ้นการจัดการกระบวนการถอนกำลังทหารฝรั่งเศสออกไปจากเมืองจันทบุรี พระยาศรีสหเทพ ราชปลัดทูลฉลองกระทรวงมหาดไทย ได้เรียกประชุมพ่อค้าชาวไทยจีน ตองซู และกุลาทั้งหมดในพื้นที่แขวงเมืองจันทบุรีเพื่อสอบถามความเป็นอยู่ ซึ่งได้รับคำตอบว่ามีความสุขสบายดี ไม่ได้รับการรังแกหรือเบียดเบียนแต่อย่างใด ส่วนในเรื่องการสนับสนุนการค้าขายนั้น ทั้งหมดมีความเห็นเป็นเอกฉันท์ว่าควรจะมีการก่อสร้างกระโจมไฟในพื้นที่ปากน้ำบนเขาแหลมสิงห์แทนที่กระโจมไฟเดิม ที่ก่อสร้างจากไม้สักและใช้ตะเกียงน้ำมันจุดชูไว้บนยอดเสา และถ่วงที่ปลายด้านหนึ่งด้วยตุ้มเหล็กสานด้วยหวาย สำหรับเป็นจุดสังเกตของชาวเรือในการผ่านเข้าออกปากน้ำในการสัญจรและการค้าขายทางเรือ ซึ่งใช้งานมานานแล้ว[2]

พระยาศรีสหเทพจึงได้นำข้อมูลดังกล่าวกราบทูลต่อพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงนเรศวรฤทธิ์ เสนอต่อกระทรวงนครบาลเพื่อให้ประสานงานกรมเจ้าท่าในการสำรวจพื้นที่และจัดทำแบบการก่อสร้างกระโจมไฟในบริเวณปากอ่าวเมืองจันทบุรี และขอให้พระยาวิชยาธิบดี ผู้ว่าราชการเมืองจันทบุรีได้ดำเนินการกรุยร่องน้ำตั้งแต่ปากน้ำแหลมสิงห์ไปจนถึงเมืองจันทบุรีเพื่อความสะดวกในการเดินทางทางน้ำ โดยในการสำรวจสถานที่สร้างประภาคารที่ปากอ่าวเมืองจันทบุรี กรมเจ้าท่าได้มอบให้กับตันนิกซันเทนเป็นผู้สำรวจ ซึ่งเห็นควรว่าประภาคารควรตั้งอยู่บนเขาแหลมสิงห์ ซึ่งเป็นสถานที่ตั้งของเสาธงมีความเหมาะสมมากที่สุดจากจุดอื่น ๆ[2]

ต่อมาในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2447 มิสเตอร์อาร์ ทอริซัน ที่ปรึกษาราชการกรมเจ้าท่า จึงได้ทูลถวายแบบของรายการก่อสร้าง พร้อมทั้งราคาการก่อสร้างกระโจมไฟ และเรือนพักคนเฝ้ากระโจม (โดยสั่งซื้อวัสดุต่าง ๆ มาจากประเทศอังกฤษ รวมทั้งค่าก่อสร้างและทาสี) ใช้งบประมาณทั้งหมด 16,360 บาท เป็นค่าก่อสร้างกระโจมไฟ ประกอบไปด้วย สามขาเหล็กอย่างดีความสูง 15 ฟิต พร้อมกับโคมไฟชนิดที่ 4 เป็นเงิน 12,960 บาท และค่าใช้จ่ายการก่อสร้างเรือนพักผู้รักษาประภาคาร 1 หลังเป็นเงิน 3,400 บาท เริ่มต้นก่อสร้างในวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2448 โดยบริษัทแมกกาย แอนด์ แมกอาร์เธอร์ ลิมิเต็ด เป็นผู้รับเหมาก่อสร้าง การขนย้ายวัสดุการก่อสร้างและการรับส่งคนงานจากกรุงเทพรับผิดชอบโดยกรมเจ้าท่า โดยใช้เรือกลไฟ "พระยม" เดินทางจากกรุงเทพฯ มายังเมืองจันทบุรี และการขนเครื่องประภาคารขึ้นไปยังยอดเขาอาศัยแรงงานจากการเกณฑ์ราษฎรในพื้นที่นั้น จนกระทั่งการก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2448 บริษัทรับเหมาได้ดำเนินการทดสอบการจุดไฟบนกระโจมไฟอยู่ 4 คืน เพื่อสังเกตและตรวจสอบความสว่างอยู่ในระดับพอใช้ ส่วนอาคารเรือนพักผู้รักษาประภาคารได้ก่อสร้างเสร็จสิ้นตามสัญญาเมื่อวันที่ 7 มีนาคม พ.ศ. 2448 ซึ่งกรมเจ้าท่าได้มอบหมายให้มิสเตอร์อาร์ ทอริซัน ที่ปรึกษาราชการกรมเจ้าท่าเดินทางไปรับมอบประภาคาร พร้อมทั้งจัดคนประจำการเพื่อดูแลรักษา[2]

กรมเจ้าท่าได้ประกาศใช้งานประภาคารแหลมสิงห์ ตามรับสั่งของพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงนเรศวรฤทธิ์ เสนาบดีกระทรวงนครบาลว่า:[2]

"ขอแจ้งความให้บรรดาผู้ที่เดินเรือไปมาในทะเลทราบทั่วกันว่า ประภาคารที่ได้สร้างขึ้นใหม่บนเนินเขาแหลมสิงห์ ปากน้ำเมืองจันทบุรีแห่งหนึ่งนั้นสำเร็จสมบูรณ์ รัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปิดจุดโคมตั้งแต่วันที่ 21 กันยายน ร.ศ. 125 (พ.ศ. 2449) เป็นต้นไป ชนิดของโคมนี้เป็นโคมสีขาวมืดได้สว่างได้เป็นแสงวาบ เมื่อสว่างมีแสงอยู่ 25 วินาที และมืด 5 วินาที แลเห็นได้ในระยะทาง 400 เส้น เรือนประภาคารนั้นตั้งอยู่เหนือระดับน้ำเมื่อเวลาน้ำขึ้นประมาณ 42 วา พร้อมกันนั้นได้เปลี่ยนชื่อกระโจมไฟแหลมสิงห์ เป็นประภาคารแหลมสิงห์ ให้อยู่ในความดูแลของกรมเจ้าท่า"[2]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2462 ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โอนประภาคารแหลมสิงห์ไปอยู่ในความดูแลของกรมอุทกศาสตร์ กองทัพเรือ[2]

ปัจจุบัน ประภาคารแหลมสิงห์อยู่ในระหว่างยื่นขอพิจารณาขึ้นทะเบียนของกรมศิลปากร[2]