ประวัติศาสตร์ของสโมสรฟุตบอลแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด (2529-2556) เริ่มต้นขึ้นเมื่อยูไนเต็ดในฤดูกาล 2529-30 ภายใต้การคุมทีมของ รอน แอตกินสัน ทำผลงานได้อย่างย่ำแย่จนอันดับของทีมตกลงมาอยู่ที่ 4 จากท้ายตารางทำให้ในวันที่ 4 พฤศจิกายน 2529 มาร์ติน เอดเวิร์ดส ประธานสโมสรในขณะนั้นจึงทำการปลดแอตกินสันออกจากตำแหน่งและแต่งตั้ง อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน ชาวสกอตวัย 46 ปีเข้ามาคุมทีมแทนในอีก 2 วันต่อมาเฟอร์กูสันซึ่งย้ายมาจากสโมสร อเบอร์ดีน เข้ามาคุมทีมยูไนเต็ดเมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน 2529 โดยเกมนัดแรกของเฟอร์กูสันคือเกมที่ยูไนเต็ดออกไปแพ้ ออกซฟอร์ด ยูไนเต็ด 0-2 ในศึก ดิวิชั่น 1 (เดิม) เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2529 และชัยชนะเกมแรกของยูไนเต็ดในยุคของเฟอร์กูสันเกิดขึ้นในวันที่ 22 พฤศจิกายน 2529 ในนัดที่ยูไนเต็ดเปิด โอลด์แทรฟฟอร์ด เอาชนะทีมทหารเสือราชินี ควีนส์ปาร์ค เรนเจอร์ส ไป 2-0 และยูไนเต็ดก็สามารถเอาชนะยอดทีมของอังกฤษในยุคนั้นอย่าง ลิเวอร์พูล ไปได้ 1-0 ในศึกแดงเดือดเมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2529 อันตรงกับวัน บอกซิ่งเดย์ หรือวันแกะกล่องของขวัญหลัง วันคริสต์มาส โดยเมื่อจบฤดูกาลนั้นยูไนเต็ดสามารถขยับขึ้นมาจบในอันดับที่ 11 ของตารางทั้ง ๆ ที่ในฤดูกาลนั้นเฟอร์กูสันไม่ได้ซื้อนักเตะเข้ามาแม้แต่รายเดียวฤดูกาล 2530-31 เฟอร์กูสันเริ่มเสริมนักเตะเข้าสู่ทีมโดยนักเตะคู่แรกของยูไนเต็ดในยุคของเฟอร์กูสันคือ วิฟ แอนเดอร์สัน ปราการหลังผิวสีร่างยักษ์จาก นอตติงแฮม ฟอเรสต์ และ ไบรอัน แมคแคลร์ กองหน้าดาวรุ่งจาก กลาสโกว์ เซลติก เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 2530 และตามมาด้วย สตีฟ บรูซ ปราการหลังจอมแกร่งจาก นอริช ซิตี้ เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม 2530 ซึ่งก่อนหน้านั้นเฟอร์กูสันได้ติดต่อขอซื้อ สจ๊วร์ต เพียร์ซ จากนอตติงแฮม ฟอเรสต์และ ปีเตอร์ เบียร์ดสลีย์ จาก นิวคาสเซิลยูไนเต็ด แต่ทั้งสองก็ได้ปฏิเสธไปจากนั้นยูไนเต็ดก็ได้ซื้อตัว มาร์ค ฮิวจ์ส กองหน้าตัวเก่งของทีมที่ได้ย้ายไปร่วมทีม บาร์เซโลนา เมื่อปี 2528 กลับมาด้วยค่าตัว £ 1.8 ล้านปอนด์พร้อมกันนี้ยังได้ตัว จิม เลห์ตัน ผู้รักษาประตูจากอเบอร์ดีนทีมเก่าของเฟอร์กูสันเข้ามาแทนที่ แกรี เบลีย์ ที่ออกจากทีมไปและปีกดาวรุ่งวัย 17 ปีจาก ทอร์คีย์ ยูไนเต็ด อย่าง ลี ชาร์ป และยูไนเต็ดทำสถิติในการซื้อตัวที่แพงที่สุดในยุคนั้นของสโมสรบนเกาะอังกฤษเมื่อขอซื้อ พอล แกสคอยน์ จาก ทอตแนมฮอทสเปอร์ส ด้วยค่าตัว £ 2 ล้านปอนด์แต่ได้รับการปฏิเสธโดยเมื่อจบฤดูกาลนั้นยูไนเต็ดก็จบด้วยตำแหน่งรองแชมป์เป็นรองแค่ ลิเวอร์พูลแต่ในฤดูกาล 2531-32 ยูไนเต็ดกลับจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 11 ของตารางเนื่องจากอาการบาดเจ็บของนักเตะตัวหลักทำให้เฟอร์กูสันต้องดึงชาร์ปขึ้นมาจากทีมเยาวชนในฤดูกาล 2532-33 เฟอร์กูสันได้ทำการซื้อตัวนักเตะเข้ามาหลายคนอาทิ นีล เวบบ์ , ไมค์ ฟีแลน ,รวมถึง แกรี พัลลิสเตอร์ ปราการหลังจาก มิดเดิลสโบรช์ เมื่อวันที่ 29 สิงหาคม 2532 เป็นสถิติของสโมสรในยุคนั้นด้วยจำนวนเงิน £ 2.3 ล้านปอนด์ แดนนี วอลเลซ และมิดฟิลด์พันธุ์ดุอย่าง พอล อินซ์ จาก เวสต์แฮม ยูไนเต็ด ซึ่งการมายูไนเต็ดของอินซ์ทำให้แฟนบอลของขุนค้อนไม่พอใจอย่างมากอยู่ช่วงหนึ่งรวมถึงได้ทำการปล่อยนักเตะสำคัญในยุคของแอตกินสันอย่าง พอล แมคกรัธ และ นอร์มัน ไวต์ไซด์ ออกจากทีมในเดือนกันยายน 2532 นักธุรกิจชาวอังกฤษ ไมเคิล ไนท์ตัน ได้ขอเทคโอเวอร์สโมสรด้วยจำนวนเงิน £ 20 ล้านปอนด์พร้อมกับข่าวลือที่ว่าเฟอร์กูสันจะถูกยูไนเต็ดสั่งปลดแต่ด้วยเหตุผลบางประการทำให้การเทคโอเวอร์ครั้งนี้ล้มเหลวพร้อมกับที่เฟอร์กูสันสามารถพาทีมคว้าแชมป์ เอฟเอคัพ ได้เป็นครั้งแรกในรอบหลายปีด้วยการเอาชนะ คริสตัลพาเลซ ไปได้ 1-0 ในนัดรีเพลย์จากฝีเท้าของ ลี มาร์ติน ทั้ง ๆ ที่เมื่อจบฤดูกาลยูไนเต็ดกลับจบในอันดับที่ 13 ซึ่งนับเป็นอันดับที่แย่ที่สุดของทีมนับแต่กลับขึ้นสู่ลีกสูงสุดเมื่อฤดูกาล 2518-19 โดยมีแต้มห่างจากโซนตกชั้นเพียง 5 แต้มซึ่งการคว้าแชมป์เอฟเอคัพครั้งนี้ทำให้ยูไนเต็ดได้ไปเล่น ยูฟ่าคัพวินเนอร์สคัพในฤดูกาล 2533-34 ยูไนเต็ดได้ทำการเสริมตัวนักเตะเข้ามาอาทิ เดนนิส เออร์วิน แบ็กซ้ายจอมขยันจาก โอลด์แฮม แอทเลติก รวมถึงการดึงปีกดาวรุ่งชาวเวลส์วัย 17 ปีอย่าง ไรอัน วิลสัน หรือต่อมาคือ ไรอัน กิ๊กส์ จากทีมเยาวชนขึ้นสู่ทีมชุดใหญ่โดยได้ประเดิมสนามนัดแรกในนามทีมชุดใหญ่ในนัดที่ยูไนเต็ดเปิดโอลด์แทรฟฟอร์ดเจอกับ เอฟเวอร์ตัน เมื่อเดือนพฤศจิกายน 2533 โดยเมื่อจบฤดูกาลยูไนเต็ดสามารถจบในอันดับที่ 6 แต่บอลถ้วยในประเทศกลับล้มเหลวทั้งหมดโดยเอฟเอคัพยูไนเต็ดในฐานะแชมป์เก่าต้องตกรอบไปในรอบ 5 ด้วยน้ำมือของ นอริช ซิตี้ 2-1 ส่วน ลีกคัพ สามารถเข้ารอบชิงแต่ไปแพ้ เชฟฟิลดิ์ เว้นสเดย์ 1-0 ส่วนคัพวินเนอร์สคัพยูไนเต็ดสามารถเข้าถึงรอบชิงโดยไปพบกับ บาร์เซโลนา ภายใต้การคุมทีมของ โยฮัน ไกรฟฟ์ เจ้าของฉายา นักเตะเทวดา โดยการแข่งขันนัดนี้ไปแข่งที่สนาม เด คุป สนามเหย้าของ เฟเยนูร์ด ร็อตเธอร์ดัม ผลปรากฏว่ายูไนเต็ดสามารถเอาชนะไปได้ 2-1 จากการทำประตูของ มาร์ค ฮิวจ์ส ทั้ง 2 ลูกซึ่งนับเป็นสโมสรแรกจากอังกฤษที่สามารถคว้าแชมป์บอลสโมสรยุโรปในรอบ 5 ปีนับแต่เหตุการณ์ โศกนาฏกรรมเฮย์เซล เมื่อปี 2528 และแชมป์บอลสโมสรยุโรปของสโมสรครั้งแรกในรอบ 23 ปีนับแต่แชมป์ ยูโรเปี้ยน คัพ เมื่อปี 2511 ซึ่งก่อนจะเริ่มฤดูกาลใหม่เฟอร์กูสันได้ทำการขายนักเตะคนแรกที่เขาซื้อเข้ามาอย่าง วิฟ แอนเดอร์สัน ไปให้กับ เชฟฟิลดิ์ เว้นสเดย์ในฤดูกาล 2534-35 ยูไนเต็ดได้ทำการดึงตัว ปีเตอร์ ชไมเคิล จาก บรอนด์บี เข้ามาเป็นมือ 1 แทน จิม เลห์ตัน ที่ตกเป็นมือ 2 พอล ปาร์คเกอร์ จาก ควีนส์ปาร์ค เรนเจอร์ส รวมถึงในฤดูกาลนี้ ไรอัน กิ๊กส์ ได้ก้าวขึ้นมายึดตำแหน่งตัวจริงจาก ลี ชาร์ป และกลายมาเป็นกำลังสำคัญของเฟอร์กูสันจนกระทั่งแขวนสตั๊ดทำให้ได้รับฉายาจากแฟนบอลและนักข่าวว่า ปีกพ่อมด โดยในฤดูกาลนี้ยูไนเต็ดสามารถจบในอันดับ 2 โดยแชมป์ในฤดูกาลนั้นซึ่งถือเป็นแชมป์ดิวิชั่น 1 ทีมสุดท้ายก่อนจะเปลี่ยนเป็น พรีเมียร์ลีก คือ ลีดส์ ยูไนเต็ด ภายใต้การคุมทีมของ โฮเวิร์ด วิลกินสัน ซึ่งนำทีมโดย เอริค คันโตนาฤดูกาล 2535-36 ซึ่งถือเป็นฤดูกาลแรกของ พรีเมียร์ลีก ยูไนเต็ดได้ทำการกระชากตัว เอริค คันโตนา มาจาก ลีดส์ ยูไนเต็ด ตามคำแนะนำของ สตีฟ บรูซ กัปตันทีมของยูไนเต็ดในขณะนั้นเมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน พ.ศ. 2535 พร้อมกับซื้อ ดิออน ดับลิน จาก โคเวนทรี ซิตี แทน อลัน เชียเรอร์ ซึ่งถูก แบล็คเบิร์น โรเวอร์ส ซื้อตัดหน้าไปโดยเมื่อจบฤดูกาลยูไนเต็ดสามารถคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกเป็นทีมแรกและเป็นแชมป์สมัยที่ 8 ของสโมสรในช่วงซัมเมอร์ปี พ.ศ. 2536 ก่อนจะเริ่มฤดูกาล 2536–2537 ยูไนเต็ดได้ทำการซื้อตัว รอย คีน มิดฟิลด์พันธุ์ดุชาวไอร์แลนด์จาก นอตติงแฮม ฟอเรสต์ ที่เพิ่งตกชั้นไป