ดินแดนติมอร์ตะวันออกเป็นอาณานิคมของประเทศโปรตุเกสตั้งแต่ปี พ.ศ. 2063 (ค.ศ. 1520) ภายหลังโปรตุเกสถอนตัวออกไปเมื่อปี พ.ศ. 2518 โดยมิได้จัดการปกครองให้แก่ติมอร์แต่อย่างใด เป็นเหตุให้ประเทศอินโดนีเซียได้ส่งทหารเข้ายึดครองติมอร์โดยผนวกเข้าเป็นจังหวัดที่ 27 ของประเทศอินโดนีเซีย ซึ่งต่อมาได้ถูกคัดค้านจากประชาชนชาวติมอร์เป็นเหตุให้เกิดความรุนแรงขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งตั้งแต่การชุมนุมทางศาสนาในพิธีมิสซาที่โบสถ์โมทาเอล (Motael) เมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม ค.ศ. 1991 ริมทะเลกรุงดิลี โดยผู้ชุมนุมได้เดินขบวนไปยังสุสานซานตาครูซจำนวนผู้ร่วมชุมนุมจึงมีมากขึ้น และการชุมนุมก็เปลี่ยนเป็นการเรียกร้องเอกราช โดยมีนายชานานา กุฌเมา เป็นผู้นำที่มีบทบาทอย่างมากต่อการเรียกร้องเอกราชจากอินโดนีเซียอย่างไรก็ดีเมื่อรัฐบาลอินโดนีเซียยินยอมให้ชาวติมอร์ตะวันออกลงประชามติเพื่อแยกตัวเป็นเอกราชจากอินโดนีเซีย ในวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2542 ประชาชนชาวติมอร์ตะวันออกกว่าร้อยละ 80 ออกเสียงสนับสนุนการแยกตัวเป็นเอกราช จึงก่อให้เกิดเหตุการณ์รุนแรงในติมอร์ตะวันออกโดยกลุ่มกองกำลังมิลิเทีย (militia) ที่นิยมอินโดนีเซีย สหประชาชาติจึงได้ตัดสินใจจัดตั้งกองกำลังนานาชาติ (International Force in East Timor – INTERFET) เมื่อ 15 กันยายน 2542 เพื่อส่งเข้าไปรักษาสันติภาพในติมอร์ตะวันออก ก่อนที่จะประกาศเอกราชในวันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2545 ในขณะนี้ สหประชาชาติดำเนินการสนับสนุนติมอร์ตะวันออกภายใต้ United Nations Mission of Support in East Timor (UNMISET) ตั้งแต่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2545