ซูดานมีรัฐทั้งหมด 17 รัฐ ได้แก่

พื้นที่ที่เกิดความขัดแย้ง

นอกจากการบริหารโดยรัฐบาลกลาง ยังมีการบริหารภายนอกที่เกิดจากการทำสนธิสัญญาสันติภาพกับกลุ่มกบฏได้แก่

ส่วนการบริหารเฉพาะพื้นที่

• เขตการปกครองตนเองดาร์ฟูร์ จัดตั้งตามข้อตกลงสันติภาพดาร์ฟูร์
• สภาศูนย์กลางรัฐซูดานตะวันออก จัดตั้งตามข้อตกลงสันติภาพซูดานตะวันออก ระหว่างรัฐบาลซูดานและกลุ่มกบฏ แนวร่วมตะวันออกเพื่อเป็นศูนย์กลางบริหารรัฐทางตะวันออกสามรัฐ
• อับเยอีตั้งอยู่ตามแนวชายแดนระหว่างซูดานกับซูดานใต้ เป็นเขตบริหารพิเศษ บริหารโดย องค์กรบริหารบริเวณอับเยอี ซึ่งเป็นไปตามประชามติใน พ.ศ. 2554 ว่าอับเยอีจะเข้าร่วมกับซูดานใต้หรืออยู่กับซูดานต่อไป

พื้นที่พิพาทหรือเกิดความขัดแย้ง

• รัฐกูร์ดูฟันใต้ และ รัฐบลูไนล์ ซึ่งจะต้องมีการตัดสินอนาคตต่อไป
• สามเหลี่ยมฮาลาอิบ เป็นพื้นที่พิพาทระหว่างซูดานกับอียิปต์ ขณะนี้อียิปต์เป็นผู้บริหารดินแดนนี้
• บริเวณอับเยอี เป็นพื้นที่พิพาทระหว่างซูดานกับซูดานใต้ ปัจจุบันยังอยู่ในเขตของซูดาน
• บิร์ ตาวิลเป็นพื้นที่ว่างตามแนวชายแดนระหว่างอียิปต์กับซูดาน ไม่มีรัฐใดกล่าวอ้างว่าเป็นของตน
• กาเฟีย กิงงี และ สวนสาธารณะแห่งชาติราดอม เป็นส่วนหนึ่งของบัรห์เอลฆาซัล ใน พ.ศ. 2499[5] ซูดานยอมรับแนวเขตแดนของซูดานใต้ตามแนวชายแดนที่เคยกำหนดไว้เมื่อ 1 มกราคม พ.ศ. 2499[6]
• ในกลางเดือนเมษายน พ.ศ. 2555 กองทัพซูดานใต้เข้ายึดครอง บ่อน้ำมันเฮกลิก จากซูดาน