ซูดานตั้งอยู่ในทวีฟแอฟริกาตอนเหนือ มีทางออกทะเลที่ทะเลแดง และมีความยาวของชายฝั่งประมาณ 853 กิโลเมตร[7] ซูดานมีพื้นที่ทั้งหมด 2,505,810 ตารางกิโลเมตร และเป็นประเทศที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในทวีปแอฟริกา และเป็นอันดับสิบของโลก ซูดานมีอาณาเขตติดกับสาธารณรัฐแอฟริกากลาง ประเทศชาด ลิเบีย อียิปต์ เอริเทรีย เอธิโอเปีย เคนยา ยูกันดา และมีความสำคัญทางภูมิศาสตร์เพราะมีจุดที่แม่น้ำบลูไนล์และไวท์ไนล์รวมกันเป็นแม่น้ำไนล์ซึ่งอยู่ในเขตคาร์ทูม

พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นที่ราบ ซึ่งถูกแบ่งออกจากกันด้วยเทือกเขาหลายแห่ง ได้แก่เทือกเขาเจเบล มาร์ราทางตะวันตก ภูเขาคินเยติ อิมาตองบริเวณใกล้ชายแดนยูกันดา ซึ่งเป็นภูขาที่สูงที่สุด และในเขตตะวันออกมีเนินเขาทะเลแดง[8]

ทางตอนเหนือมีทะเลทรายนิวเบีย ตั้งแต่อดีตในทางตอนใต้มีปริมาณน้ำฝนมีมากกว่าจึงมีพื้นที่ที่มีบึงและป่าดิบชื้น ฤดูฝนของซูดานมีระยะเวลาประมาณ 3 เดือน (กรกฎาคมถึงกันยายน) ในตอนเหนือ และนานถึง 6 เดือน (มิถุนายนถึงพฤศจิกายน) ในตอนใต้ ในเขตแห้งแล้งมักเกิดพายุทรายที่เรียกว่าฮาบูบซึ่งสามารถบดบังแสงอาทิตย์ได้โดยสิ้นเชิง ในตอนเหนือและตะวันตกซึ่งเป็นพื้นที่กึ่งทะเลทราย ผู้คนทำการเกษตรง่าย ๆ โดยพึ่งพาฝนที่ไม่ค่อยพอเพียง และมีชนเผ่าเร่ร่อนจำนวนมากที่เดินทางไปพร้อมกับฝูงแกะและอูฐ ในบริเวณใกล้แม่น้ำไนล์ มีการทำไร่ที่มีการชลประทานที่ดีกว่า ส่วนใหญ่ปลูกพืชที่ปลูกเพื่อการค้า[9]

ประเทศซูดานมีแหล่งทรัพยากรแร่ธาตุหลายอย่าง เช่น ปิโตรเลียม ก๊าซธรรมชาติ ทอง เงิน โครไมท์ แร่ใยหิน แมงกานีส ยิปซัม ไมกา สังกะสี เหล็ก ตะกั่ว ยูเรเนียม ทองแดง เกาลิไนท์ โคบอลต์ หินแกรนิต นิกเกิล และดีบุก[10]

การแปรสภาพเป็นทะเลทรายเป็นปัญหาทางสิ่งแวดล้อมที่สำคัญของซูดาน[11] เกษตรกรมักทำการเกษตรโดยไม่คำนึงถึงการอนุรักษ์ธรรมชาติ จึงทำให้เกิดปัญหาต่าง ๆ ตามมาเช่น การทำลายป่าไม้ ปัญหาดินจืด และปัญหาระดับน้ำบาดาลลดลง[12]