บูร์กินาฟาโซเคยเป็นส่วนหนึ่งของอาณานิคมแอฟริกาตะวันตกของฝรั่งเศส ได้รับสิทธิในการปกครองตนเองภายใต้อาณัติของฝรั่งเศสในเดือนธันวาคม 2501 และได้รับเอกราชโดยสมบูรณ์ในวันที่ 5 สิงหาคม 2503 โดยมีนาย Maurice Yameogo หัวหน้าพรรค the Union Democratique Valtaique (UDV) ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีคนแรก และได้รับการสนับสนุนอย่างเต็มที่จากชนเผ่า Mossi ซึ่งเป็นชนเผ่าที่มีจำนวนร้อยละ 50 ของจำนวนประชากรของประเทศ

การที่ประธานาธิบดี Yameogo ปกครองประเทศด้วยระบบเผด็จการทหารมาตลอด โดยรวบอำนาจทั้งหมดอยู่ในมือและห้ามมิให้มีพรรคการเมืองฝ่ายค้าน กอปรกับเศรษฐกิจของบูร์กินาฟาโซอยู่ในภาวะที่ตกต่ำและเสื่อมถอยเป็นอย่างมาก เป็นเหตุให้ประชาชนแสดงความไม่พอใจและก่อความวุ่นวานจนทำให้เกิดการจลาจลขึ้นทั่วประเทศ เป็นผลให้คณะนายทหารภายใต้การของ พ.ท. Sangoule Lamizana ทำการรัฐประหารได้สำเร็จ เมื่อเดือนมกราคม 2509 พ.ท. Lamizana ซึ่งตั้งตนเองขึ้นเป็นประธานาธิบดีได้ประกาศยกเลิกรัฐธรรมนูญ และประกาศใช้มาตรการรัดเข็มขัด เป็นผลให้ภาวะเศรษฐกิจของบูร์กินาฟาโซดีขึ้นมาก อย่างไรก็ตาม ประธานาธิบดี Lamizana ประกาศใช้รัฐธรรมนูญอีกครั้งในปี 2520 และจัดให้มีการเลือกตั้งทั่วไปเป็นครั้งแรกเมื่อเดือนธันวาคม 2521 และเปิดโอกาสให้พลเรือนเข้าไปมีส่วนร่วมในรัฐบาลมากขึ้น ด้วยการแต่งตั้งนาย Gerard Ouedraogo เป็นนายกรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 4 สิงหาคม 2527 คณะนายทหารภายใต้การนำของร้อยเอก Thomas Sankara ทำรัฐประหารยึดอำนาจได้สำเร็จ ประกาศยกเลิกรัฐธรรมนูญ และเปลี่ยนชื่อเป็นจาก Upper Volta เป็น Burkina Faso ซึ่งแปลว่า ประเทศของผู้มีความซื่อสัตย์ (Country of the Upright People)

อย่างไรก็ตาม ประธานาธิบดี Sankara ถูกลอบสังหารในปี 2530 เป็นผลให้บ้านเมืองเกิดความวุ่นวายจนกระทั่ง ร้อยเอก Blaise Campaoré ได้ทำรัฐประหารยึดอำนาจเมื่อวันที่ 15 ตุลาคม 2530 และประกาศใช้รัฐธรรมนูญอีกครั้งในปี 2534 รวมทั้งอนุญาตให้มีระบบหลายพรรคการเมืองอีกครั้ง และให้มีการเลือกตั้งทั่วไป ร้อยเอก Campaoré ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีในเดือนธันวาคม 2534 โดยในขณะนั้นกำหนดให้มีวาระการดำรงตำแหน่งคราวละ 7 ปี พร้อมทั้งให้มีการเลือกตั้งสมาชิกสภานิติบัญญัติ ซึ่งมีจำนวน 107 คนในปี 2535 และต่อมา ประธานาธิบดี Compaoré ได้รับเลือกตั้งดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีอีกเป็นสมัยที่ 2 ในปี 2541

ในภาพรวมในอดีตที่ผ่านมา บูร์กินาฟาโซต้องประสบกับความขัดแย้งทางการเมือง และระบบการปกครองหลายรูปแบบ นับแต่ได้รับเอกราชเมื่อปี 2503 อันเป็นสาเหตุหลักที่ฉุดรั้งการพัฒนาประเทศ การปฏิวัติเมื่อปี 2530 ได้ส่งผลให้มีการเปลี่ยนแปลงทางการเมืองที่ดีขึ้น โดยเฉพาะในระยะสิบปีที่ผ่านมา การเมืองภายในบูร์กินาฟาโซอยู่ในห้วงเวลาที่ค่อนข้างมีเสถียรภาพ จากการที่มีหลายพรรคการเมืองเข้าร่วมในกิจกรรมทางการเมือง โดยมีการเลือกตั้งประธานาธิบดีและสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรตามระบอบรัฐสภา สภาวะดังกล่าวได้ปูพื้นฐานให้มีการพัฒนาทางเศรษฐกิจตามมา โดยมีอัตราการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจที่ขยายตัวสูงขึ้นอย่างต่อเนื่อง

เสถียรภาพทางการเมืองมีปัจจัยหลัก ดังนี้

• ตัวแปรทางการเมืองมีไม่มาก
• จิตสำนึกในการเคารพกฎระเบียบและการยอมรับการดำเนินนโยบายของรัฐบาล
• การเสริมสร้างอำนาจความเป็นผู้นำของประธานาธิบดี Blaise Compaore

การเปิดโอกาสให้นักการเมืองรุ่นใหม่ได้เข้ามีบทบาททางการเมืองมากขึ้นภายหลังการปฏิวัติเมื่อปี 2526 เป็นผลดีต่อระบบการเมืองในการกำหนดทิศทางการพัฒนาประเทศ ทั้งยังผลักดันให้นักการเมืองรุ่นเก่าที่มีบทบาทในอดีตต้องกลับกลายเป็นฝ่ายค้านกลไกในการดำเนินความสัมพันธ์ระหว่างกลุ่มชนเผ่าต่าง ๆ ซึ่งเป็นตัวแปรสำคัญต่อความสงบเรียบร้อยของประเทศ มีส่วนส่งเสริมความปรองดองในบูร์กินาฟาโซเป็นอย่างมาก ภายหลังประธานาธิบดี Thomas Sankara ถูกลอบสังหารในปี 2530 การเจรจาระหว่างกลุ่มชนเผ่าMossi และ Fulani สามารถดับชนวนความขัดแย้งก่อนที่จะเกิดเหตุการณ์ไม่สงบอันนำไปสู่วิกฤตการณ์ทางการเมือง ทั้งนี้ ประธานาธิบดี Compaore ซึ่งสืบทอดอำนาจต่อจากประธานาธิบดี Sankara ก็ได้อาศัยฐานคะแนนเสียงสนับสนุนจากเครือข่ายกลุ่มชนเผ่าต่าง ๆ และในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรเมื่อเดือนพฤษภาคม 2540 พรรคสภาประชาธิปไตยและการพัฒนา (Congres pour la Democratie et le Progres – CDP) ของประธานาธิบดี Compaore สามารถกวาดที่นั่งในสภาได้ทั้งหมด 101 ที่นั่งจากที่นั่งทั้งหมด 111 ที่นั่ง อย่างไรก็ตาม พรรค CDP เป็นพรรคเดียวที่ส่งผู้สมัครในทุกเขตเลือกตั้ง ในระยะยาวแล้ว ความเป็นปึกแผ่นของพรรค CDP และอำนาจของประธานาธิบดี Compaore ขึ้นอยู่กับการพัฒนาทางเศรษฐกิจอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ ในปัจจุบันการที่รัฐบาลมีเสียงข้างมากอย่างท่วมท้น จะทำให้การดำเนินนโยบายต่าง ๆ เป็นไปอย่างราบรื่นและส่งผลให้มีความต่อเนื่องยิ่งขึ้น ทั้งนี้ ประธานาธิบดี Compaore จะต้องคงดุลยภาพทางสังคมระหว่างกลุ่มชนเผ่าพันธ์ต่าง ๆ เช่นในปัจจุบัน เพื่อมิให้เกิดความขัดแย้งอันอาจนำไปสู่วิกฤตการณ์ทางการเมืองได้ คาดว่าในการเลือกตั้งประธานาธิบดีครั้งต่อไปในช่วงปลายปี 2541 ประธานาธิบดี Compaore จะลงสมัครรับเลือกตั้งอีกวาระหนึ่ง ซึ่งการมีเครือข่ายฐานคะแนนเสียงสนับสนุนที่กว้างขวางจะเป็นประโยชน์อย่างยิ่งการเลือกตั้งประธานาธิบดีบูร์กินาฟาโซ เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2541

• เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2541 ได้มีการจัดการเลือกตั้งประธานาธิบดีบูร์กินาฟาโซ ซึ่งผลการเลือกตั้งปรากฏว่า ประธานาธิบดี Blaise Compaore (จากพรรค CDP) ได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีเป็นสมัยที่สอง โดยประธานาธิบดี Blaise Compaore ได้รับคะแนนเสียง 1,996,151 เสียง หรือคิดเป็นร้อยละ 87.53 จากจำนวนผู้ไปใช้สิทธิออกเสียงเลือกตั้ง ชนะคู่แข่งคือนาย Ram Ouedraogo (พรรคอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมหรือ Parti des Verts) ซึ่งได้ 160,593 เสียงและนาย Frederic Guirma (พรรคแนวร่วมต่อต้านสมัชชาประชาธิปไตยแอฟริกา หรือ Front de Refus-Rassemblement democratique African) ซึ่งได้ 133,552 เสียง
• พรรคฝ่ายค้าน 9 พรรคได้รวมตัวกันก่อตั้งแนวร่วมในนามกลุ่ม 14 กุมภาพันธ์ ก่อตั้งในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2541) คว่ำบาตรการเลือกตั้งประธานาธิบดี โดยอ้างว่าประธานาธิบดี Compaore ใช้อำนาจและกลไกรัฐเป็นเครื่องมือในการรณรงค์หาเสียงเลือกตั้ง และมีการแต่งตั้งคณะกรรมการเลือกตั้งอิสระ (Commission Electorale Nationale Independante – CENI) ที่ไม่เป็นธรรม โดยเฉพาะบาทหลวง Bonsdawende Samuel Yameogo ประธาน CENI นั้น เป็นคนสนิทของประธานาธิบดี Compaore ฝ่ายค้านจึงเห็นว่า CENI มีความเอนเอียงทางการเมืองและมิใช่องค์กรอิสระที่ปราศจากการแทรกแซงของรัฐอย่างแท้จริง อย่างไรก็ตาม ผู้สังเกตการณ์นานาชาติซึ่งรวมทั้งองค์การระหว่างประเทศและภูมิภาคจำนวนหนึ่งกล่าวว่าการเลือกตั้งประธานาธิบดีครั้งนี้เสรีและเป็นธรรม และการที่พรรค CDP ของประธานาธิบดี Compaore มีเสียงข้างมากในสภา ทำให้มีการคาดการณ์ว่า ประธานาธิบดี Compaore จะสามารถบริหารบ้านเมืองได้อย่างปลอดโปร่งในระหว่างที่อยู่ในตำแหน่ง

หลังการก่อการกำเริบในบูร์กินาฟาโซ พ.ศ. 2557 ได้มีการจัดตั้งรัฐบาลเฉพาะกาลขึ้น และมีกำหนดจัดการเลือกตั้ง วันที่ 11 ตุลาคม 2558[4] แต่ในวันที่ 16 กันยายน 2558 ได้เกิดการรัฐประหาร นำโดยนายพลกิลแบร์ต เดียนเดเร มีการจับกุมประธานาธิบดีและนายกรัฐมนตรีเฉพาะกาล[5] ต่อมานายพลเดียนเดเรได้ขึ้นเป็นประธานสภาแห่งชาติเพื่อประชาธิปไตย[6] หลังจากถูกกดดันจากองค์กรหลายฝ่าย ในวันที่ 24 กันยายน 2558 คณะผู้ยึดอำนาจการปกครองได้ยอมลงจากอำนาจ โดยผู้ที่ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีเฉพาะกาลคือ มิเชล คาฟานโด[7] ต่อมามีการจัดการเลือกตั้งในวันที่ 29 พฤศจิกายน 2558 โดยผู้ที่ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีคนใหม่คือ รอช มาร์ก คริสเตียน คาบอเร[8]