ดินแดนนี้เคยเป็นถิ่นฐานของชาวมอสซีตั้งแต่ช่วง พ.ศ. 1600 - 1800 ต่อมาถูกปกครองโดยมาลีและจักรวรรดิซองไฮ ฝรั่งเศสเข้ามาปกครองมาลีเมื่อ พ.ศ. 2439 โดยดินแดนบูร์กินาฟาโซ (หรือชื่อเดิม อัปเปอร์วอลตา) ยังรวมอยู่ในมาลี ต่อมาแยกตัวออกเมื่อ พ.ศ. 2490 โดยยังอยู่ในอาณานิคมแอฟริกาตะวันตกของฝรั่งเศส

บูร์กินาฟาโซได้รับสิทธิในการปกครองตนเองภายใต้อาณัติของฝรั่งเศสในเดือนธันวาคม 2501 และได้รับเอกราชโดยสมบูรณ์ในวันที่ 5 สิงหาคม 2503 โดยมีนาย Mauric Yameogo หัวหน้าพรรค the Union Democratique Valtaique (UDV) ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีคนแรก และได้รับการสนับสนุนอย่างเต็มที่จากชนเผ่า Mossi ซึ่งเป็นชนเผ่าที่มีจำนวนร้อยละ 50 ของจำนวนประชากรของประเทศ

การที่ประธานาธิบดี Yameogo ปกครองประเทศด้วยระบบเผด็จการทหารมาตลอด โดยรวบอำนาจทั้งหมดอยู่ในมือและห้ามมิให้มีพรรคการเมืองฝ่ายค้าน กอปรกับเศรษฐกิจของบูร์กินาฟาโซอยู่ในภาวะที่ตกต่ำและเสื่อมถอยเป็นอย่างมาก เป็นเหตุให้ประชาชนแสดงความไม่พอใจและก่อความวุ่นวานจนทำให้เกิดการจลาจลขึ้นทั่วประเทศ เป็นผลให้คณะนายทหารภายใต้การของ พ.ท. Sangoule Lamizana ทำการรัฐประหารได้สำเร็จ เมื่อเดือนมกราคม 2509 พ.ท. Lamizana ซึ่งตั้งตนเองขึ้นเป็นประธานาธิบดีได้ประกาศยกเลิกรัฐธรรมนูญ และประกาศใช้มาตรการรัดเข็มขัด เป็นผลให้ภาวะเศรษฐกิจของบูร์กินาฟาโซดีขึ้นมาก อย่างไรก็ตาม ประธานาธิบดี Lamizana ประกาศใช้รัฐธรรมนูญอีกครั้งในปี 2520 และจัดให้มีการเลือกตั้งทั่วไปเป็นครั้งแรกเมื่อเดือนธันวาคม 2521 และเปิดโอกาสให้พลเรือนเข้าไปมีส่วนร่วมในรัฐบาลมากขึ้น ด้วยการแต่งตั้งนาย Gerard Ouedraogo เป็นนายกรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 4 สิงหาคม 2527 คณะนายทหารภายใต้การนำของร้อยเอก Thomas Sankara ทำรัฐประหารยึดอำนาจได้สำเร็จ ประกาศยกเลิกรัฐธรรมนูญ และเปลี่ยนชื่อเป็นจาก Upper Volta เป็น Burkina Faso ซึ่งแปลว่า ประเทศของผู้มีความซื่อสัตย์ (Country of the Upright People)

อย่างไรก็ตาม ประธานาธิบดี Sankara ถูกลอบสังหารในปี 2530 เป็นผลให้บ้านเมืองเกิดความวุ่นวายจนกระทั่ง ร้อยเอก Blaise Campaoré ได้ทำรัฐประหารยึดอำนาจเมื่อวันที่ 15 ตุลาคม 2530 และประกาศใช้รัฐธรรมนูญอีกครั้งในปี 2534 รวมทั้งอนุญาตให้มีระบบหลายพรรคการเมืองอีกครั้ง และให้มีการเลือกตั้งทั่วไป ร้อยเอก Campaoré ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีในเดือนธันวาคม 2534 โดยในขณะนั้นกำหนดให้มีวาระการดำรงตำแหน่งคราวละ 7 ปี พร้อมทั้งให้มีการเลือกตั้งสมาชิกสภานิติบัญญัติ ซึ่งมีจำนวน 107 คนในปี 2535 และต่อมา ประธานาธิบดี Compaoré ได้รับเลือกตั้งดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีอีกเป็นสมัยที่ 2 ในปี 2541

ในภาพรวมในอดีตที่ผ่านมา บูร์กินาฟาโซต้องประสบกับความขัดแย้งทางการเมือง และระบบการปกครองหลายรูปแบบ นับแต่ได้รับเอกราชเมื่อปี 2503 อันเป็นสาเหตุหลักที่ฉุดรั้งการพัฒนาประเทศ การปฏิวัติเมื่อปี 2530 ได้ส่งผลให้มีการเปลี่ยนแปลงทางการเมืองที่ดีขึ้น โดยเฉพาะในระยะสิบปีที่ผ่านมา การเมืองภายในบูร์กินาฟาโซอยู่ในห้วงเวลาที่ค่อนข้างมีเสถียรภาพ จากการที่มีหลายพรรคการเมืองเข้าร่วมในกิจกรรมทางการเมือง โดยมีการเลือกตั้งประธานาธิบดีและสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรตามระบอบรัฐสภา สภาวะดังกล่าวได้ปูพื้นฐานให้มีการพัฒนาทางเศรษฐกิจตามมา โดยมีอัตราการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจที่ขยายตัวสูงขึ้นอย่างต่อเนื่อง