การปกครองแบบสาธารณรัฐ (Republic) มีประธานาธิบดีเป็นประมุขของรัฐและหัวหน้ารัฐบาล รัฐธรรมนูญฉบับปัจจุบันประกาศใช้เมื่อวันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2538 มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญในปี พ.ศ. 2548

บริหาร

ประกอบด้วยประธานาธิบดี นายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรี ประธานาธิบดีเป็นทั้งประมุขของรัฐและผู้นำรัฐบาล ส่วนนายกรัฐมนตรีมีหน้าที่ในการช่วยเหลือประธานาธิบดีในการดูแลคณะรัฐมนตรี

นิติบัญญัติ

ระบบรัฐสภาของยูกันดาเป็นระบบสภาเดียว มีสมาชิกรัฐสภา จำนวน 276 คน โดยเป็นสมาชิกที่มาจากการเลือกตั้ง 214 คน ที่เหลือ 62 คน มาจากการเสนอชื่อของประธานาธิบดีที่จัดสรรที่นั่งให้แก่บุคคลสาขาวิชาชีพต่าง ๆ ได้แก่ สตรี 39 คน นายทหาร 10 คน คนพิการ 5 คน เยาวชน 5 คน และผู้แทนจากภาคแรงงาน 5 คน โดยสมาชิกรัฐสภาอยู่ในตำแหน่งคราวละ 5 ปี

ตุลาการ

ประกอบด้วยศาลอุทธรณ์และศาลสูง โดยประธานาธิบดีจะเป็นผู้แต่งตั้งผู้พิพากษาทั้งสองศาล

การบังคับใช้กฎหมาย

เมื่อปี พ.ศ. 2538 รัฐบาลได้นำระบบกฎหมายที่มีรากฐานมาจากกฎหมายจารีตประเพณีอังกฤษและกฎหมายธรรมเนียมปฏิบัติกลับมาใช้

การต่างประเทศ

เครือจักรภพแห่งประชาชาติ

องค์กรระหว่างประเทศในทวีปแอฟริกา

ภายหลังได้รับเอกราชในปี 2510 สามประเทศในแอฟริกาตะวันออก ซึ่งเป็นอดีตอาณานิคมของอังกฤษ ได้แก่ ยูกันดา เคนยา และแทนซาเนียได้ร่วมกันจัดตั้ง EAST AFRICAN COMMUNITY (EAC) แต่ก็ต้องล้มเลิกไปในปี 2520 เนื่องจากความขัดแย้งกันทางการเมืองและเศรษฐกิจ อย่างไรก็ดี เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2536 กลุ่ม EAC ได้ถือกำเนิดขึ้นอีกเมื่อทั้ง 3 ประเทศร่วมลงนามในการจัดตั้ง EAC ขึ้นอีกครั้ง

ยูกันดาเป็นสมาชิกสหประชาชาติและองค์กรต่าง ๆ ของสหประชาชาติและเข้าเป็นสมาชิกองค์การเอกภาพแอฟริกา (Organization of African Unity - OAU) เมื่อเดือนกรกฎาคม 2533 ประธานาธิบดี Museveni ได้รับเลือกเป็นประธาน OAU เป็นเวลาหนึ่ง และสมาชิกในกลุ่ม PTA (Preferential Trade Area for East and Southern Africa) เมื่อเดือนธันวาคม 2530 มีการประชุมประเทศในกลุ่ม PTA ที่กรุงกัมปาลา มีมติให้ประเทศสมาชิกลดภาษีศุลกากรลงร้อยละ 10 ทุก ๆ 2 ปี ตั้งแต่เดือนตุลาคม 2530 ถึงเดือนตุลาคม 2539 นอกจากนี้ ยูกันดายังเป็นสมาชิกองค์การการค้าโลก (WTO) ด้วย

ยูกันดาได้ประโยชน์ทางการค้าระหว่างประเทศภายใต้ LOME CONVENTION ซึ่งเป็นข้อตกลงทางการค้าและความช่วยเหลือระหว่าง EU และแอฟริกา แคริบเบียน และแปซิฟิก โดยสินค้าเข้าบางชนิดในประเทศกลุ่ม EU จะได้รับการยกเว้นภาษี นอกจากนี้ ยังได้รับความช่วยเหลือด้านการปรับโครงสร้างทางเศรษฐกิจ การสูญเสียจากการที่ราคาสินค้าตกต่ำและเพื่อกิจการด้านเหมืองแร่ เมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน 2536 ยูกันดาและประเทศในภูมิภาคแอฟริกาตะวันออกและได้ร่วมลงนามในสนธิสัญญาตลาดร่วมแห่งภูมิภาครัฐแอฟริกาตะวันออกและใต้ (Common Market for Eastern and Southern African States : COMESA)

ความช่วยเหลือจากต่างประเทศ : เนื่องจากเป็นประเทศที่ประสบภาวะสงครามกลางเมืองเป็นเวลานาน ยูกันดาจึงต้องการความช่วยเหลือจากต่างประเทศ อย่างไรก็ดี ประธานาธิบดี Museveni แถลงว่า รัฐบาลยูกันดายินดีที่จะยอมรับความช่วยเหลือจากต่างชาติในด้านที่จำเป็นและสำคัญทางเศรษฐกิจเท่านั้น เช่น ในด้านการขนส่งและโครงสร้างพื้นฐานต่าง ๆ ตั้งแต่ปี 2530 ประเทศผู้ให้ต่าง ๆ ได้ให้เงินช่วยเหลือแก่ยูกันดามากขึ้น โดยประเทศผู้ให้ความช่วยเหลือแก่ยูกันดาที่สำคัญ ได้แก่ สหรัฐฯ สวิตเซอร์แลนด์ ญี่ปุ่น ออสเตรีย เป็นต้น นอกจากนี้ ยูกันดายังได้รับความช่วยเหลือจากกองทุนการเงินระหว่างประเทศ (IMF) 76 ล้านดอลลาร์สหรัฐ ในการนำเข้าสินค้าจำเป็นจำนวน 20.3 ล้านดอลลาร์สหรัฐ ซึ่งเป็นการให้ความช่วยเหลือแก่ยูกันดามากที่สุดในภูมิภาค SUB-SAHARA เดนมาร์ก (12 ล้านดอลลาร์สหรัฐ) ญี่ปุ่นได้ให้เงินช่วยเหลือ 4.3 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เพื่อช่วยเหลือทางด้านเศรษฐกิจ ยูกันดาในการลดภาระหนี้สินในการนำเข้าสินค้าจำเป็น อาทิ ปิโตรเลียม เครื่องมือก่อสร้างถนน อุปกรณ์ไฟฟ้า รถประจำทาง เครื่องจักรกล เครื่องรับโทรทัศน์ วิทยุ อุปกรณ์โทรคมนาคม ฯลฯ จากการเยือนยูกันดาของประธานาธิบดี Clinton ระหว่างวันที่ 24-25 มีนาคม 2541 นั้นประธานาธิบดี Clinton ได้ประกาศให้ความช่วยเหลือแก่ยูกันดาในด้านการศึกษา โภชนาการ สาธารณสุขและด้านแรงงานแก่ประเทศต่าง ๆ ในแอฟริกา รวมมูลค่า 198.5 ล้านดอลลาร์สหรัฐ ทั้งนี้ การประกาศให้ความช่วยเหลือดังกล่าวที่ประเทศยูกันดา นับว่าสหรัฐฯ ได้ให้ความสำคัญแก่ยูกันดามากขึ้น

นอกจากนี้ ยูกันดายังมีบทบาทในการแก้ไขปัญหาการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ในภูมิภาค (Great Lakes) รวมถึงการส่งเสริมการค้า การลงทุนระหว่างกัน และได้เป็นเจ้าภาพจัดการประชุม Entebbe Summit for Peace and Prosperity ขึ้นเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2541 โดยประธานาธิบดี Clinton ได้เข้าร่วมการประชุมพร้อมกับผู้นำสูงสุดและผู้แทนจากประเทศต่าง ๆ ได้แก่ ประธานาธิบดี Museveni แห่งยูกันดา ประธานาธิบดี Danial arap Moi แห่งเคนยา ประธานาธิบดี Benjamin W. Mkapa แห่งแทนซาเนีย ประธานาธิบดี Pasteur Bizimungu แห่งรวันดา ประธานาธิบดี Laurent Kabila แห่งสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโก นายกรัฐมนตรี Meles Zenawi แห่งเอธิโอเปีย นาย Murerwa รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังของซิมบับเว ซึ่งผู้นำและผู้แทนประเทศต่าง ๆ ได้ร่วมลงนามในแถลงการณ์การประชุม Kampala Summit Communigue ด้วย

กองทัพ