เกาะจำนวนมากของวานูอาตูมีผู้อาศัยมานานนับพัน ๆ ปี หลักฐานที่เก่าแก่ที่สุด พบว่ามีอายุย้อนไปถึงประมาณ 2,000 ปีก่อนคริสตกาล และเมื่อ ค.ศ. 1606 นักสำรวจชาวโปรตุเกส ชื่อ เปโดร เฟร์นันเดซ เด กีโรส (Pedro Fernández de Quirós) ก็นับเป็นชาวยุโรปคนแรกที่เดินทางมาถึงหมู่เกาะนี้ ชาวยุโรปเริ่มตั้งถิ่นฐานในหมู่เกาะดังกล่าวในปลายศตวรรษที่ 18 หลังจากกัปตันเจมส์ คุก นักสำรวจชาวอังกฤษได้เดินทางมายังหมู่เกาะแห่งนี้ เมื่อระหว่างการเดินทางครั้งที่ 2 ของเขา

เมื่อ ค.ศ. 1906 ฝรั่งเศสและสหราชอาณาจักรตกลงที่จะปกครองดินแดนนี้ร่วมกัน โดยเรียกหมู่เกาะแห่งนี้ว่า "นิวเฮบริดีส์" ครั้นถึงทศวรรษ 1960 ประชากรชาววานูอาตูเริ่มกดดันเพื่อก่อตั้งรัฐบาลของตนเอง และภายหลังก็เรียกร้องเอกราชคืน และในที่สุดฝรั่งเศสและสหราชอาณาจักรก็ยอมคืนอำนาจอธิปไตยอย่างสมบูรณ์สู่เจ้าของพื้นที่อีกครั้ง เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม ค.ศ. 1980 (พ.ศ. 2523)

ในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1990 วานูอาตูประสบความผันผวนทางการเมือง และในที่สุดก็นำไปสู่รัฐบาลแบบกระจายอำนาจมากขึ้น

บางท่านถือว่าวานูอาตูเป็นหนึ่งในเกาะสวรรค์ที่ยังคงสภาพดังเดิมอย่างแท้จริง