จากหลักฐานทางโบราณคดีทำให้ทราบว่าชนชาติเขมรเริ่มรวมตัวเป็นอาณาจักรหรือรัฐ มาตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ 6 โดยพัฒนามาจากเมืองท่าที่ติดต่อค้าขายกับอินเดีย มีความเจริญภายใต้พื้นฐานของอารยธรรมอินเดีย ใช้ชื่อว่า อาณาจักรฟูนัน มีอาณาบริเวณครอบคลุมพื้นที่ลุ่มแม่น้ำโขง (เวียดนามตอนใต้) และแม่น้ำโขงตอนใต้ (กัมพูชา) จนถึงบางส่วนในบริเวณของภาคอีสานตอนใต้ของประเทศไทย โดยมีเมืองออกแก้ว (ตะวันออกเฉียงใต้ของเวียดนาม) เป็นเมืองท่าในการติดต่อค้าขาย และมีราชธานีนามว่า“วยาธปุระ” ใกล้เขาบาพนมในประเทศกัมพูชา

อาณาจักรฟูนันมีการติดต่อค้าขายกับต่างประเทศทั้งกับอินเดียและจีน หลักฐานทางโบราณคดีเกี่ยวกับอาณาจักรนี้ยังดูรางเลือนหาข้อสรุปไม่ได้แน่ชัดนัก ทราบแต่เพียงว่ากษัตริย์องค์สุดท้ายคือ รุทรวรมัน และนับถือศาสนาพราหมณ์ที่ได้รับมาจากอินเดียเป็นหลัก

พุทธศตวรรษที่ 12 อาณาจักรเจนฬา ซึ่งแต่เดิมเป็นรัฐหนึ่งของอาณาจักรฟูนัน มีอาณาบริเวณตั้งแต่เมืองจำปาศักดิ์-ภูเขาวัดภู ในปัจจุบันคือบริเวณทางตอนใต้ของประเทศลาวและทางภาคเหนือของประเทศกัมพูชา ราชธานีของอาณาจักรเจนฬาคือ เมือง “เศรษฐปุระ” อาณาจักรเจนฬามีพื้นฐานอารยธรรมสืบต่อมาจากอาณาจักรฟูนันรวมทั้งการนับถือศาสนาพราหมณ์ด้วย

พระเจ้าภววรมัน ปฐมกษัตริย์ของเจนฬาได้ยึดวยาธปุระจากรุทรวรมัน ต่อมาพระอนุชาของภววรมันคือ พระเจ้ามเหนทรวรมันที่ 1 ได้เข้ายึดฟูนันและปราบปรามได้ ทำให้อาณาจักรเจนฬาได้ขยายอาณาเขตออกไปอย่างกว้างขวางยิ่งกว่าเดิม จนล่วงพุทธศตวรรษที่ 13 อาณาจักรเจนฬาได้ถูกกษัตริย์ชวาจากราชวงศ์ไศเลนทร์แห่งอาณาจักรชวาภาคกลางรุกราน จึงทำให้เจนฬาแตกออกเป็น 2 ส่วนคือ เจนฬาบก และ เจนฬาน้ำซึ่งถูกชวายึดครองได้ นอกจากนี้อาณาจักรชวายังได้นำตัวรัชทายาทคือ เจ้าชายชัยวรมันที่ 2 ไปเป็นตัวประกันที่อาณาจักรชวาอีกด้วย ซึ่งเป็นระบบที่เรียกว่าตัวจำนำเพื่อรับรองความจงรักภักดีของอาณาจักรเขมร

ต่อมาในปี พ.ศ. 1350 ชัยวรมันที่ 2 ได้ยกทัพขึ้นมาประกาศเอกราชจากอาณาจักรชวา และยังรวมอาณาจักรเจนฬาบกและเจนฬาน้ำที่แตกแยกเข้าด้วยกัน สร้างความเป็นปึกแผ่นให้กับอาณาจักรเขมรใหม่ และขนานนามใหม่ว่า เมืองกัมโพชน์ตะวันออก โดยแยกตัวมาจากอาณาจักรลโวทยหรือละโว้ หรือปัจจุบันเรียกว่า ลพบุรี พระเจ้าชัยวรมันที่ 2 ทรงตั้งราชธานีของเมืองกัมโพชน์ในบริเวณทางเหนือของทะเลสาบเขมร พระองค์ทรงขยายพระราชอำนาจเข้าไปถึงบริเวณลุ่มแม่น้ำบริเวณอีสานใต้ของประเทศไทยในจังหวัดนครราชสีมา ชัยภูมิ บุรีรัมย์ สุรินทร์และศรีสะเกษ