มีพฤติกรรมและการกระจายพันธุ์เหมือนกับปลากระโทงชนิดอื่น ๆ คือ หากินตามผิวน้ำในเขตร้อนหรือเขตอบอุ่นตามทะเลเปิดหรือมหาสมุทรขนาดใหญ่ทั่วโลก มีการอพยพย้ายถิ่นที่อยู่ในแต่ละฤดูกาล โดยล่าปลาและสัตว์น้ำชนิดต่าง ๆ เป็นอาหาร เช่น ปลาแมคเคอเรล, ปลาทูน่า หรือหมึก ขณะเดียวกันก็อาจตกเป็นอาหารของปลาล่าเหยื่อขนาดใหญ่ได้เช่นกัน เช่น ปลาฉลามมาโกครีบสั้น และปลาฉลามขาว[7]

เดิมที ปลากระโทงสีน้ำเงินถูกจำแนกออกเป็น 2 ชนิด คือ ปลากระโทงสีน้ำเงินแอตแลนติก ที่พบในมหาสมุทรแอตแลนติก กับ ปลากระโทงสีน้ำเงินอินโด-แปซิฟิก (M. mazara[8]) ที่พบในมหาสมุทรแปซิฟิก และมหาสมุทรอินเดีย แต่จากการศึกษาล่าสุดพบว่า แม้ประชากรของ 2 จำพวกนี้แยกออกจากกัน แต่ก็จัดเป็นชนิดเดียวกัน[8] เพราะมีสายพันธุกรรมเหมือนกัน เชื่อว่าประชากรของปลากระโทงสีน้ำเงินทั้ง 2 ถิ่นนี้มีการแลกเปลี่ยนสายพันธุกรรมซึ่งกันและกัน[9][10]

นิยมตกกันเป็นเกมกีฬา เนื่องจากเป็นปลาขนาดใหญ่ และต่อสู้กับเบ็ดได้อย่างสนุก ผู้ตกต้องยื้อสู้กับปลาบนเรีอเป็นเวลานาน ซึ่งอาจจะใช้เวลานานหลายชั่วโมง หรือกว่าครึ่งค่อนวัน อีกทั้งเนื้อก็นิยมบริโภค โดยนิยมนำมาปรุงเป็นซาซิมิในอาหารญี่ปุ่น และถูกเรียกกันในฮาวายว่า "อา'ฮู" (a'u[11]) มีรายงานปริมาณการบริโภคทั่วโลกถึง 3,064 เมตริกตัน ในปี ค.ศ. 2000[12]