ชื่อวิทยาศาสตร์ของปลาเทราต์สีน้ำตาลนั้นคือ Salmo trutta โดยชื่อรอง trutta นั้นเป็นคำในภาษาละตินซึ่งมีความหมายว่า "เทราต์" ทั้งนี้เนื่องจากปลาเทราต์สีน้ำตาลถือเป็นปลาเทราต์สายพันธุ์แรกที่มีการค้นพบโดยนักสัตววิทยาชาวสวีเดน คาร์ล ลินเนียส ในหนังสือ Systema Naturae ฉบับปี ค.ศ. 1758 ซึ่งหนังสือนี้เองเป็นจุดกำเนิดของระบบการเรียกชื่อสิ่งมีชีวิตแบบทวินาม นอกจากนี้ ลินเนียสยังได้อธิบายถึงปลาเทราต์สายพันธุ์อื่นอีกสองสายพันธุ์ในหนังสือเล่มนี้ คือสายพันธุ์ Salmo fario ซึ่งพบในลุ่มแม่น้ำไรน์ และสายพันธุ์ Salmo lacustris ซึ่งพบในทะเลสาบเดวลลิง[5]