เมื่อพระพุทธศาสนาในประเทศอินเดียแบ่งเป็นฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้ พระเจ้ากนิษกะกษัตริย์ราชวงศ์กุษาณะปกครองตอนเหนือของประเทศอินเดีย ได้จัดให้มีการประชุมพระสงฆ์ฝ่ายเหนือพร้อมทำสังคายนาครั้งที่ 4 ในศาสนาพุทธ ที่เมืองบุรุษบุรีเมื่อ พ.ศ. 624 [1] โดยมีพระวินัยบางข้อที่เปลี่ยนแปลงไปเกิดพระไตรปิฎกที่แตกต่างและเกิดพุทธศาสนามหายาน ตามคัมภีร์ต่าง ๆ ที่กล่าวถึงเรื่องราวเกี่ยวกับการบูชาพระไภษัชยคุรุนั้นฝ่ายเถรวาทไม่มีการกล่าวถึงเรื่องราวดังกล่าว[2] ในคัมภีร์มหายานลลิตวิสระ มีข้อความสรรเสริญพระพุทธเจ้าแพทย์ผู้สามารถปลดเปลื้องความเจ็บปวดและความทุกข์ทรมานของมนุษย์ โดยในอัธยายที่ 1 ชื่อนิทานปริวรรตได้บรรยายว่า[3] พระองค์เป็นแพทย์ประทานยา คือ อมฤต พระองค์กล้าในการตรัสเจรจาแสดงลัทธิทำให้มิจฉาทิฐิเร่าร้อนไปตามกัน พระองค์เป็นพงศ์พันธุ์แห่งพระธรรม ทรงปราดเปรื่องในปรมัตถธรรม พระองค์เป็นผู้นำ เป็นผู้ชี้ทาง ไม่มีใครยิ่งไปกว่า” ซึ่งการกล่าวถึงพระพุทธเจ้าแพทย์นั้นจะหมายถึงพระไภษัชยคุรุ เรื่องพระไภษัชยคุรุที่ปรากฏในคัมภีร์ที่ชัดเจนที่สุด ปรากฏในพระสูตรสันสกฤตสูตรหนึ่ง ชื่อ พระพุทธไภษัชยคุรุไวฑูรยประภาราชามูลปฌิธานสูตร [4] หรือ ไภษัชยคุรุไวฑูรยประภาตถาคตปูรวปณิธานสูตร [5]