เป็นเวลาหลายปีที่ปาล์มซอร์สได้พัฒนาและขายสิทธิ์ในการใช้ปาล์มโอเอส 5

โครงร่างของปาล์มโอเอส 6 ได้ถูกส่งให้ผู้ผลิตเครื่องมือถือในเดือน กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2004 (พ.ศ. 2547) ซึ่งในรุ่นนี้จะรองรับแอปพลิเคชันที่ทำงานบนสถาปัตยกรรมแบบอาร์มโดยตรงและการสนับสนุนทางมัลติมีเดียที่ดียิ่งขึ้น

ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 2004 (พ.ศ. 2547) ปาล์มซอร์สได้ประกาศชื่อที่ใช้ในการพัฒนาพร้อมประกาศว่าการพัฒนาปาล์มโอเอสรุ่นที่ 5.x จะไม่ทำให้การพัฒนารุ่นที่ 6.x หยุดชะงักลง โดยรุ่นที่ 5 มีชื่อที่ใช้ในการพัฒนาว่า การ์เนต ส่วนรุ่นที่ 6 มีชื่อในการพัฒนาว่า โคบอลต์

ในเดือนกันยายน ค.ศ. 2004 (พ.ศ. 2547) ปาล์มซอร์สได้เปิดเผยคุณสมบัติของปาล์มโอเอสโคบอลต์รุ่น 6.1 ซึ่งจะรองรับหน้าจอที่ทำงานด้วยความละเอียดที่สูงขึ้น ระบบโทรศัพท์ที่ได้รับการออกแบบใหม่ การใช้งานด้วยมือข้างเดียว และรูปแบบตัวอักษรที่มีให้เลือกใช้งานมากขึ้น

หลังจากปี ค.ศ. 2004 (พ.ศ. 2547) ปาล์มซอร์สได้ประกาศว่ารุ่นถัดไปของปาล์มโอเอสจะรองรับการทำงานบนชั้นบนสุดของลินุกซ์เคอร์เนล และด้วยสาเหตุนี้เอง จึงทำให้การพัฒนาผลิตภัณฑ์ทั้งหมดตั้งล่าช้าออกไป

ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 2005 (พ.ศ. 2548) ในการประชุมนักพัฒนาของปาล์มซอร์ส ได้มีการประกาศว่า ปาล์มวันได้รับสิทธิ์ในการใช้เครื่องหมายการค้าปาล์ม โดยปาล์มวันจะให้สิทธิ์ในการใช้ชื่อกับปาล์มซอร์สและผู้รับช่วงสิทธิ์

ในเดือนกันยายน ค.ศ. 2005 (พ.ศ. 2548) ปาล์มซอร์สได้ควบรวมกิจการกับแอคเซส บริษัทซอฟต์แวร์ของญี่ปุ่น หลังจากนั้นหนึ่งเดือนปาล์มได้เปิดตัวปาล์มทรีโอ700 ซึ่งทำงานบนวินโดวส์โมเบิลเป็นสัญญาณที่บ่งชี้ได้ว่าปาล์มจะเปลี่ยนแปลงตนเองมาพัฒนาระบบปฏิบัติการ 2 ระบบบนเครื่องมือถือของตนเอง

ในเดือนกุมภาพันธ์ 2006 ปาล์มซอร์สได้เปิดตัวแอคเซสลินุกซ์แพลตฟอร์มซึ่งเป็นการเปลี่ยนแปลงครั้งล่าสุดของปาล์มโอเอสบนลินุกซ์ แต่ชื่อใหม่ของปาล์มโอเอสก็ยังไม่เป็นที่รับรู้กัน

ในปีค.ศ. 2006 (พ.ศ. 2549) ก็ยังไม่มีเครื่องมือถือที่ทำงานบนระบบปฏิบัติการปาล์มโอเอส โคบอลต์