ผู้คัดค้านโดยอ้างมโนธรรม[1] (อังกฤษ: conscientious objector) คือ ปัจเจกชนที่ใช้สิทธิ์คัดค้านการเกณฑ์ทหาร[2] ด้วยเหตุแห่งเสรีภาพทางความคิด มโนธรรม หรือศาสนา[3]คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติ (UNCHR) มีมติรับรองว่า การคัดค้านการเกณฑ์ทหารโดยอ้างมโนธรรมเป็นการใช้เสรีภาพทางความคิด มโนธรรม และศาสนาโดยชอบ และเป็นไปตามสิทธิในกติการะหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง และขยายความไปว่า ผู้ที่เป็นทหารอยู่อาจพัฒนาเป็นผู้คัดค้านโดยอ้างมโนธรรมก็ได้ ทั้งยังเรียกร้องและย้ำเตือนให้รัฐที่มีการเกณฑ์ทหารให้จัดระบบคัดกรองผู้คัดค้านโดยอ้างมโนธรรมอย่างเป็นธรรม และจัดให้มีการทำงานอื่นเพื่อสังคมแทนการฝึกทหารสำหรับบุคคลเหล่านี้[4][5][6] อนึ่ง UNCHR ยังสนับสนุนให้รัฐต่าง ๆ รับพิจารณาผู้คัดค้านโดยอ้างมโนธรรมที่เกรงกลัวว่าจะถูกดำเนินคดีเป็นผู้ลี้ภัยตามอนุสัญญาว่าด้วยสถานภาพของผู้ลี้ภัย ค.ศ. 1951 (1951 Convention relating to the Status of Refugees)[7]อย่างไรก็ดี ในทางปฏิบัติมีหลายประเทศที่มีการเกณฑ์ทหาร แต่มิได้มีทางเลือกให้แก่ผู้คัดค้านโดยอ้างมโนธรรม และหลายประเทศก็เข้มงวดกับการรับผู้คัดค้านโดยอ้างมโนธรรมเป็นผู้ลี้ภัย UNCHR กระทำได้เพียงวิจารณ์นโยบายของรัฐเหล่านั้น[8]