GnuPG นั้นเป็นโปรแกรมที่เสถียรและมีคุณภาพระดับนำไปใช้งานจริง สามารถใช้งานได้กับทุกระบบปฏิบัติการ โดยโปรแกรมนี้มักรวมไปกับระบบปฏิบัติการเสรี เช่น FreeBSD, OpenBSD, NetBSD และระบบปฏิบัติการลีนุกซ์เกือบทุกรายก็ว่าได้

GnuPG สามารถคอมไพล์ได้กับทุกระบบปฏิบัติการ แต่การคอมไพล์ข้ามระบบปฏิบัติการนั้นยังคงมีความยุ่งยากอยู่บ้าง เนื่องจากในแต่ละระบบปฏิบัติการนั้นมีระบบป้องกันความปลอดภัยแตกต่างกัน การปรับให้ทำงานด้วยกันได้ค่อนข้างทำได้ยาก คอมไพเลอร์ที่มีคุณภาพสูง ๆ ควรจะสร้างโปรแกรมซึ่งทำงานเข้ากับ GnuPG ในระบบปฏิบัติการอื่นๆ GnuPG มีการคอมไพล์เรียบร้อยแล้วสำหรับระบบปฏิบัติการที่เป็นที่นิยม เช่น ไมโครซอฟท์วินโดวส์ และ Mac OS X

แม้ว่าโดยพื้นฐานของโปรแกรม GnuPG นั้นเป็นเพียงแค่การทำงานบน command line interface ธรรมดา แต่ในส่วนของ front-end นั้นจะมีส่วนติดต่อผู้ใช้แบบกราฟิก (GUI) มาให้ เพื่อใช้ติดต่อกับ GnuPG เช่น การรองรับการเข้ารหัสของ GnuPG นั้นถูกรวมเข้าในโปรแกรม KMail และ Evolution ซึ่งเป็นโปรแกรมอ่านอีเมลบน KDE และ GNOME ของลีนุกซ์ ส่วนในระบบปฏิบัติการ Mac OS X ก็มี front-end Aqua สำหรับการเข้ารหัสและจัดการกับ key พร้อม ทั้งมีโปรแกรมติดตั้ง (installer) ของ GnuPG มาให้ แอปพลิเคชันจำพวก instant messanging เช่น Psi และ Fire สามารถเข้ารหัสข้อความอัตโนมัติถ้าเครื่องมีการติดตั้ง GnuPG ไว้แล้วแล้ว มีปลั๊กอิน Enigmail สำหรับมอซิลลาทันเดอร์เบิร์ดและ SeaMonkey และมีปลั๊กอิน Enigform กับ FireGPG รองรับ มอซิลลาไฟร์ฟอกซ์

ในปี ค.ศ. 2005 G10 Code และ Intevation ได้ปล่อย Gpg4win ซึ่งเป็นชุดของโปรแกรมที่ประกอบด้วย GnuPG บน WinPT, Gnu Privacy Assistant (PGA) และ GnuPG plugin สำหรับ Window Explorer และ Outlook โดยอยู่ในรูปโปรแกรมติดตั้ง สามารถนำมาใช้กับระบบปฏิบัติการวินโดวส์ได้เกือบทุกระบบในปัจจุบัน