GnuPG นั้นพัฒนาขึ้นโดย Werner Koch โดยเวอร์ชัน 1.0.0 นั้นถูกปล่อยออกมาเมื่อวันที่ 7 สิงหาคม ค.ศ 1999 (พ.ศ. 2542)และได้รับทุนสนับสนุนจากกระทรวงเศรษฐกิจและเทคโนโลยีของประเทศเยอรมันในการทำคู่มือการใช้งาน ทำให้สามารถใช้ในไมโครซอฟท์วินโดวส์ในปี ค.ศ. 2000

เนื่องจาก GnuPG นั้นเป็นระบบที่ทำตามมาตรฐานของ OpenPGP ดังนั้นประวัติของ OpenPGP นั้นจึงสำคัญต่อ GnuPG โดย OpenPGP ถูกออกแบบมาให้ทำงานร่วมกันกับ PGP ซึ่งเป็นโพรโทคอลที่ใช้ในการเข้ารหัสอีเมลล์ที่พัฒนาขึ้นโดย Phil Zimmerman

GnuPG เวอร์ชัน 2.0 ถูกปล่อยออกมาเมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน ค.ศ. 2006 ซึ่งพัฒนามาจากเวอร์ชัน 1.x โดยเวอร์ชันสุดท้ายของรุ่น 1.x คือ 1.4.8 นั้นยังคงมีการพัฒนาต่อควบคู่กันกับ GnuPG 2.0 เนื่องจากมีการเปลี่ยนแปลงในสถาปัตยกรรมของโปรแกรม ซึ่งไม่เหมาะกับการใช้งานในบางประเภท