หลังการเลือกตั้ง พ.ศ. 2498 เกิดความแตกแยกระหว่างนักการเมืองที่มาจากเกาะชวาและเกาะต่างๆ ในวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2499 สมาชิกพรรคที่ไม่ได้เป็นชาวชวาลาออกจากพรรค ในวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2499 เรียกร้องให้ยกเลิกพรรคการเมืองซึ่งนำไปสู่แนวคิดประชาธิปไตยแบบชี้นำในพ.ศ. 2500 ซึ่งพรรคสังคมนิยมอินโดนีเซียต่อต้าน

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2499 ผู้บัญชาการทหารในเกาะสุมาตราได้ประกาศเข้าควบคุมรัฐบาลท้องถิ่น วิกฤติได้ขยายไปในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2500 ผู้บัญชาการทหารแห่งอินโดนีเซียตะวันออกได้ประกาศกฎอัยการศึก ต่อมา คณะรัฐมนตรีลาออก และซูการ์โนได้ประกาศกฎอัยการศึกทั่วประเทศ ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2500 สุมิตโตร โยโยฮาดิกุสุโม สมาชิกพรรคสังคมนิยมอินโดนีเซียได้ออกจากจาการ์ตาไปยังสุมาตรา และพรรคสังคมนิยมอินโดนีเซียได้เรียกร้องให้จัดตั้งคณะรัฐมนตรีใหม่ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2501 ต่อมา ในเดือนกุมภาพันธ์ได้มีการจัดตั้งรัฐบาลของฝ่ายกบฏเรียกรัฐบาลปฏิวัติแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซีย มี อามีร ซารีฟุดดินเป็นนายกรัฐมนตรี ฮัตตาและสมาชิกพรรคสังคมนิยมอินโดนีเซียในจาการ์ตาเรียกร้องให้มีการเจรจา แต่รัฐบาลตัดสินใจปราบปรามด้วยกำลังทหาร และปราบฝ่ายกบฏได้ในช่วงกลางปี พ.ศ. 2501 หลังจากนั้น ซูการ์โนยังคงใช้ประชาธิปไตยแบบชี้นำต่อไป จนกระทั่งพรรคสังคมนิยมอินโดนีเซียและพรรคมัสยูมีถูกคว่ำบาตรในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2503 เพราะต่อต้านประชาธิปไตยแบบชี้นำ