หลังจากที่ได้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีจนครบสองวาระในพ.ศ. 2549 นายกรัฐมนตรีจุงอิชิโร โคะอิซุมิ ตัดสินใจที่จะยุติบทบาททางการเมืองและส่งนายชินโซ อะเบะ (ญี่ปุ่น: 安倍晋三 โรมาจิ: Abe Shinzō) เข้าชิงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีในการเลือกตั้งเดือนกันยายนปีพ.ศ. 2549 นายชินโซ อะเบะ ได้รับการเลือกตั้งด้วยความนิยมในพรรคเสรีประชาธิปไตยอันเนื่องมาจากความสำเร็จของอดีตนายกรัฐมนตรีโคะอิซุมิ แต่ทว่าหลังจากที่ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีได้เพียงหนึ่งปี นายชินโซ อะเบะ ก็ต้องลาออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีและหัวหน้าพรรค อันเนื่องมาจากประเด็นการคอรัปชั่นที่นำไปสู่การอัตวินิบาตกรรมของรัฐมนตรีกระทรวงเกษตร และการเลือกตั้งวุฒิสมาชิกปีพ.ศ. 2550 พรรคเสรีประชาธิปไตยสูญเสียเสียงข้างมากในวุฒิสภาให้แก่พรรคประชาธิปไตยญี่ปุ่น (Japan Democratic Party)

ในเดือนกันยายนพ.ศ. 2550 นายยะซุโอะ ฟุกุดะ (ญี่ปุ่น: 福田康夫 โรมาจิ: Fukuda Yasuo) เข้าดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีแทนนายอะเบะ แต่นายกรัฐมนตรีฟุกุดะต้องประสบกับปัญหาความขัดแย้งระหว่างสภาผู้แทนราษฎร ซึ่งมีพรรคเสรีประชาธิปไตยเป็นเสียงส่วนใหญ่ และวุฒิสภาซึ่งมีพรรคประชาธิปไตยญี่ปุ่นเป็นเสียงส่วนใหญ่ อีกหนึ่งปีต่อมาเดือนกันยายนพ.ศ. 2551 นายฟุกุดะจึงลาออกจากตำแหน่งไปอีกคนหนึ่ง นายทะโร อะโซ (ญี่ปุ่น: 麻生太郎 โรมาจิ: Asō Tarō) เข้าดำรงตำแหน่งแทน ก็ประสบกับปัญหาเดียวกัน จนกระทั่งนายกรัฐมนตรีอะโซตัดสินใจยุบสภาในเดือนกันยายนพ.ศ. 2552

การเลือกตั้งทั่วไปพ.ศ. 2552 ปรากฏว่าพรรคประชาธิปไตยที่เป็นพรรคคู่แข่งได้รับเสียงข้างมากในสภาผู้แทนราษฎร ทำให้เป็นครั้งที่สองในประวัติศาสตร์ที่พรรคเสรีประชาธิปไตยต้องกลายเป็นพรรคฝ่ายค้าน หลังจากที่สูญเสียอำนาจให้แก่พรรคประชาธิปไตยญี่ปุ่นเป็นเวลาสามปี การเลือกตั้งทั่วไปพ.ศ. 2555 พรรคเสรีประชาธิปไตยกลับมาได้รับความนิยมคะแนนเสียงข้างมากอีกครั้ง โดยมีนายชินโซ อะเบะ ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีครั้งที่สอง