เริ่มต้นเนื้อหาของพรหมชาลสูตรฝ่ายมหายาน เป็นการเอ่ยถึงพระไวโรจนพุทธะ จากนั้นในตอนต่อมาจึงกล่าวถึงพระศากยมุนีพุทธเจ้า ซึ่งปรากฏพระองค์ที่กุสุมาตลครรภวยุหาลังกรโลกธาตุสมุทร (蓮華蔵世界) หรือปัทมะครรภะโลกธาตุ (華蔵世界) เป็นโลกธาตุอันเป็นที่ประทับของพระไวโรจนพุทธเจ้า โดยพระไวโรจนพุทธเจ้าทรงแสดงปาฏิหาริย์จำแลงธรรมกายของพระองค์เป็นพระพุทธเจ้านับประมาณมิได้ และพระพุทธเจ้าเหล่านั้นได้ทรงออกจากปัทมครรภโลกธาตุมายังแต่ละจักรวาล แต่ละจักรวาลล้วนมีชมพูทวีปของตน ประทับยังใต้ร่มมหาโพธิ์ จากน้นพระพุทธเจ้าแต่ละพระองค์ในโลกธาตุนับมิถ้วน เสด็จไปแสดงพระธรรมเทศนายังสรวงสวรรค์ชั้นต่างๆ จนถึงวิมานชั้นพรหม

ฝ่ายพระศากยมุนีพุทธเจ้า หลังจากทรงออกจากปัทมะครรภะโลกธาตุแล้วเสด็จไปแสดงพระสูตรยังสรวงสวรรค์ชั้นต่างๆ จนถึงวิมานชั้นพรหมจึงทรงเสนด็จมายังชมพูทวีป แล้วเสด็จสู่พระครรภ์ของพุทธมารดาในกรุงกบิลพัสดุ์ แล้วเจริญพระชนม์ เสด็จออกมหาภิเนษกรมณ์ แล้วตรัสรู้เป็นพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ณ พระแท่นวัชรอาสน์ ซึ่งทรงแสดงพรหมชาลสูตรนี้ โดยทรงมีมนสิการถึงพรหมชาล หรือข่ายมณีอันวิจิตรในวิมานพรหม อันเป็นสถานที่ซึ่งทรงแสดงพระธรรมเทศนา นอกจากนี้ ข่ายอันวิจิตรของพรหม อันแสงสะท้อนต้องมณีนับไม่ถ้วน แตกออกเป็นรัศมีแสงประมาณมิได้ ซึ่งโดยนัยแล้วหมายถึงหลักปฏิจจสมุปบาท ยังสะท้อนถึงพระธรรมขันธ์ หรือวิถีทางการบรรลุธรรมอันหาประมาณมิได้ ซึ่งพระพุทธเจ้าทั้งหนึ่งแสนโกฏิทรงตรัสไว้

จากนั้นพระองค์ทรงตรัสโพธิสัตว์ศีล หรือโพธิสัตว์ปราติโมกษ์ อันเป็นต้นเค้าของพระธรรมวินัยทั้ปวงในพระศาสนา และเป็นศีลที่พระไวโรจนพุทธเจ้าทรงสาธยายไว้โดยปกติ โดยที่พระไวโรจนพุทธเจ้าทรงเป็นต้นเค้าแห่งพระพุทธเจ้าทั้งหนึ่งแสนโกฏิพระองค์ พระศากยมุนีพุทธเจ้าจึงดังทรงตรัสว่า โพธิสัตว์ปราติโมกษ์นี้ "เป็นต้นเค้าแห่งพระพุทธเจ้าและพระโพธิสัตว์ทั้งปวง แลเป็นหน่อเนื้อแห่งพุทธะธาตุ"

จากนั้นทรงตรัสและแจกแจงรายละเอียดของโพธิสัตว์ศีล หรือโพธิสัตว์ปราติโมกษ์ โดยสังเขปแบ่งออกเป็นมหาโพธิสัตว์ศีล ๑๐ และจุลโพธิสัตว์ศีล ๔๘ โดยทรงบรรยายข้อศีล และแนวทางการปฏิบัติอย่างละเอียด ทั้งนี้ มหาโพธิสัตว์ศีล ๑๐ เรียกว่า ปราติโมกษ์ ในภาษาสันสกฤต หรือปาติโมกข์ในภาษาบาลี