พระครูวิเวกพุทธกิจ (เสาร์ กนฺตสีโล) มรณภาพในอิริยาบถนั่งกราบพระประธานครั้งที่ 3 ในพระอุโบสถวัดอำมาตยาราม อำเภอวรรณไวทยากร จังหวัดนครจัมปาศักดิ์ ประเทศไทย ในขณะนั้น (ปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของแขวงจำปาศักดิ์ ประเทศลาว) เมื่อวันอังคาร แรม 3 ค่ำ เดือน 3 ปีมะเมีย ตรงกับวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 สิริอายุ 82 ปี พรรษา 62 คณะศิษย์ได้เชิญศพของท่านกลับมา ณ วัดบูรพาราม อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี และได้ทำการฌาปนกิจในวันที่ 15 - 16 เมษายน พ.ศ. 2486