หลังจากสิ้นสงครามแล้ว พระเจ้าโพธิสารราชได้รับความดีความชอบสูง และได้นำพระราชโอรส คือ พระไชยเชษฐาขึ้นมาครองอาณาจักรล้านนา มหาเทวีจิรประภาจึงทรงสละราชบัลลังก์ให้แก่พระราชนัดดา[12] ในช่วงที่สมเด็จพระไชยเชษฐาทรงครองอาณาจักรล้านนา ในช่วงปี พ.ศ. 2089-2090 แต่พระโพธิสารราชเสด็จสวรรคตอย่างกะทันหัน พระไชยเชษฐาจึงเสด็จกลับล้านช้างในปี พ.ศ. 2090 โดยเสด็จไปพร้อมกับพระแก้วมรกต และพระนางจิรประภาเทวี[12] แผ่นดินล้านนาจึงว่างกษัตริย์ เกิดสงครามกลางเมืองเชียงใหม่ด้วยขุนนางต่างสู้รบกัน ดังนั้นระหว่างปี พ.ศ. 2091-2094 จึงถือเป็นกลียุคของล้านนา ในที่สุดขุนนางเมืองเชียงใหม่เห็นว่าสมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชทรงไม่เสด็จกลับมาแล้ว จึงได้อัญเชิญท้าวแม่กุเสวยราชย์ต่อไป ด้วยเหตุนี้พระไชยเชษฐาทรงเห็นว่าท้าวแม่กุครองราชย์โดยพระองค์มิชอบ จึงนำไปสู่การยกทัพไปตีเมืองเชียงแสนในปี พ.ศ. 2098[12]