พระนางนัตชินเมดอเป็นพระธิดาพระองค์เดียวของ พระเจ้าตะโดเมงสอแห่งอังวะ พระอนุชาต่างพระมารดาของ พระเจ้าบุเรงนอง อุปราชแห่งเมืองอังวะและพระนาง อังวะมิบะยา ใน ค.ศ. 1556 ซึ่งทั้งสองพระองค์มีความสัมพันธ์เป็น พระปิตุลา (ลุง) – พระนัดดา (หลาน) พระนางนัตชินเมดอเจริญพระชนม์ใน อังวะ พระนางต่อมาได้ย้ายมาประทับที่ หงสาวดี เนื่องจากพระนางได้อภิเษกกับ มังกะยอชวา ซึ่งเป็นพระญาติชั้น 1 ทางฝ่ายพระมารดาและพระญาติห่าง ๆ ทางฝั่งพระบิดา