พระนางราชธาตุกัลยาประสูติเมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน ค.ศ. 1559 ที่ หงสาวดี เป็นพระราชธิดาของ พระเจ้าบุเรงนอง ที่ประสูติจาก พระนางราชเทวี จากทางฝั่งของพระมารดาพระนางสืบเชื้อสายจากอาณาจักรอังวะโดยพระนางมีพระเชษฐาและพระอนุชาร่วมพระบิดาพระมารดาเดียวกันอีก 2 พระองค์ พระเชษฐาคือ นรธาเมงสอ และพระอนุชา สิริสุธรรมราชา ซึ่งทั้งสามพระองค์เจริญพระชนม์ที่ พระราชวังกัมโพชธานี ใน หงสาวดี และได้เลื่อนขึ้นเป็นเชื้อพระวงศ์ชั้นสูงเมื่อเดือนมีนาคม ค.ศ. 1563 เมื่อพระมารดาได้รับการสถาปนาเป็นพระมเหสีองค์ที่ 3 และองค์สุดท้ายของพระเจ้าบุเรงนอง

พระนางได้รับการศึกษาในพระราชวังซึ่งพระนางโปรดการแต่งกลอนเมื่อพระชนมายุ 15 พรรษาพระนางได้เข้าพิธี ชินบยู หรือพิธีเจาะหูของเด็กผู้หญิงเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1574