แต่เนื่องจากพระนาลกะมีอายุมาก ซ้ำประพฤติโมเนยยะอย่างอุกฤษฏ์ สังขารร่างกายจึงบอบช้ำมาก จึงได้พิจารณาอัตตภาพตน พบว่าถ้าประพฤติโมเนยยปฏิบัติอย่างอุกฤษฏ์ต่อไปจะตายภายใน 7 วัน แต่ได้นึกถึงว่าจะรักษาธรรมหรือจะรักษาชีวิตพิจารณาว่าจะรักษาธรรม จึงประพฤติต่อไป มีกล่าวไว้ว่า วันที่จะนิพพานนั้น ท่านรู้ตัวดีจึงสรงน้ำชำระกายแล้วครองผ้าอย่างเรียบร้อย ท่านยืนหันหน้าไปทางที่พระพุทธเจ้าประทับอยู่ ซึ่งคาดว่าขณะนั้นพระพุทธเจ้าคงประทับอยู่ ณ วัดเวฬุวัน เมืองราชคฤห์ แคว้นมคธ จากนั้นท่านก็ก้มลงกราบด้วยเบญจางคประดิษฐ์แล้วลุกขึ้นยืนพิงภูเขาหิงคุละ ประนมมือนิพพานด้วยอาการสงบ เมื่อพระพุทธเจ้าทรงทราบด้วยพระญาณว่าพระนาลกะนิพพานแล้ว พระพุทธเจ้าก็เสด็จมายังภูเขาหิงคุละพร้อมด้วยพระสาวกหลายรูป ครั้นรับสั่งให้ฌาปนกิจศพท่านแล้วก็ทรงรับสั่งให้สร้างพระเจดีย์บนภูเขาหิงคุละและนำอัฐิของท่านไปบรรจุไว้ในพระเจดีย์ เพื่อให้พุทธบริษัทได้สักการะ