ป่วยถึงแก่กรรม ณ กรุงเทพฯ ใน พ.ศ. ๒๔๒๗ ก่อนปฏิรูปการปกครองเป็นมณฑลเทศาภิบาล ๑๗ ปี หลังเป็นพระพิทักษ์เจดีย์ ๖ ปี ด้วยเหตุเดินทางฟ้องร้องเจ้าเมืองทั้ง ๓ เรื่องแย่งชิงข้าเลกพระธาตุพนมและการเก็บเงินส่วยข้าวถังข้าเลก[12] สาส์นตราพระพิทักษ์เจดีย์ (เทบปะจิด) ว่า ...ครั้นถึงปีวอก จศก (พ.ศ. ๒๔๒๗) พระพิทักษ์เจดีย์ (แก่น) ลงไปกรุงเทพฯ ทำคำร้องทุกข์ขึ้นกราบทูลในสมเด็จกรมพระบำราบปรปักษ์ยังหาทันได้ขึ้นมาไม่ พระพิทักษ์เจดีย์ (แก่น) ป่วยถึงแก่กรรมอยู่กรุงเทพฯ...[13] พื้นเมืองพนมระบุถึงแก่กรรม พ.ศ. ๒๔๒๘ (จ.ศ. ๑๒๔๗) ด้วยอาการไข้เจ็บนาน ๕ เดือน พระราชทานเพลิงที่กรุงเทพฯ ท้าวโพธิสารกรมการเชิญอัฐิบรรจุธาตุทิศเหนือพระธาตุพนม[14]