สำหรับงานด้านการพัฒนานั้น ได้เริ่มขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2500 เมื่อพระพุทธพจนวราภรณ์ ได้รับ อาราธนาจากนายอำเภอเมืองเชียงใหม่ ให้ไปแสดงธรรมอบรมประชาชนในเขตอำเภอเมือง ท่านได้พบ ปัญหาเกี่ยวกับการศึกษาว่า มีนักเรียนจำนวนไม่น้อยที่จบการศึกษาชั้นประถมปีที่ 4 แล้ว แต่ไม่ได้ เรียนต่อ เนื่องจากบิดา มารดา หรือผู้ปกครองมีฐานะยากจน จึงไม่สามารถส่งเสียบุตรหลานให้เรียน ต่อได้ ท่านจึงเกิดแรงบันดาลใจ ดำเนินการก่อตั้งมูลนิธิเมตตาศึกษา และขออนุญาตจัดตั้งโรงเรียน เมตตาศึกษา ให้การศึกษาเด็กชั้นประถมปีที่ 5 จนถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 โดยไม่เก็บค่าใช้จ่ายใด ๆ จากประสบการณ์ในการดำเนินงานโรงเรียนเมตตาศึกษามาเป็นระยะเวลา 15 ปี ท่านได้เกิดความคิด ขึ้นมาว่า การให้การศึกษาแก่นักเรียนที่พ่อแม่ผู้ปกครองมีฐานะยากจน ก็เป็นการสร้างโอกาสให้แก่ เยาวชนที่ด้อยโอกาส ให้ได้รับการศึกษามากขึ้น มีทางที่จะช่วยตัวเองและครอบครัวได้ในอนาคต แต่ในขณะเดียวกันในสังคมชนบทส่วนใหญ่ที่ยังมีปัญหาความยากจน ขาดโอกาสทางการศึกษา มีความรู้น้อย ขาดทุนทรัพย์ที่จะนำมาลงทุนประกอบอาชีพ และขาดผู้นำในการดำเนินชีวิต

เหตุที่เป็นแรงบันดาลใจอีกประการหนึ่งคือ ประชาชนส่วนใหญ่เป็นชาวพุทธ นับถือพระพุทธศาสนา การนับถือพระพุทธศาสนาของชาวไทยมุ่งแต่แสวงหาบุญ ทำบุญด้วยความปรารถนาสุขในโลกหน้า ไม่ได้นำพระธรรมคำสั่งสอนของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้ามาปฏิบัติหรือแก้ปัญหาในชีวิตประจำวัน แม้แต่การแก้ปัญหาความยากจน ก็จะแก้ด้วยการทำบุญ ไม่คำนึงถึงเหตุแห่งความยากจนที่สำคัญคือ การหมกมุ่นในอบายมุข ได้แก่ การเป็นคนเกียจคร้าน นักเลงการพนัน นักเลงสุรา ยาเสพติด ฟุ่มเฟือย ไม่รู้จักประมาณการในการใช้จ่าย เป็นต้น

เยาวชนไทยชายหญิงในชนบท เมื่อขาดโอกาสทางการศึกษามีความรู้น้อย ความกระตือรือร้น เพื่ออนาคตของชีวิตก็ไม่มี ส่วนมากจะเป็นคนว่างงาน มักจะหมกมุ่นไปในทางอบายมุข ดื่มสุรา เล่นการพนัน ส่วนเยาวสตรีก็ดิ้นรนไปทำงานในเมือง บางคนประกอบอาชีพเป็นหญิงบริการเพราะความยากจน

พระพุทธพจนวราภรณ์ได้เล็งเห็นว่า การจะแก้ปัญหาดังกล่าว จะต้องแก้ไขที่ต้นเหตุของ ปัญหา ได้แก่ การทำให้คนชนบทขยัน ประหยัด เห็นโทษของอบายมุข เสียสละ และการเสริมสร้าง กิจกรรมที่ทำให้เกิดความสามัคคี การพัฒนาชนบทนั้นจะต้องพัฒนาทั้งทางด้านเศรษฐกิจและทาง ด้านจิตใจพร้อมกัน

สรุปแรงดลใจที่ทำให้พระพุทธพจนวราภรณ์ ก่อตั้งมูลนิธิศึกษาพัฒนาชนบท ได้แก่

1. เห็นชาวชนบทที่ด้อยโอกาสทางการศึกษา
2. เห็นชาวชนบทที่ว่างงาน หมกมุ่นอยู่แต่เรื่องอบายมุข
3. เห็นชาวชนบทที่ประสบปัญหาความอดอยากยากจน
4. ได้ทราบเรื่องเยาวสตรีที่ไปประกอบอาชีพเป็นหญิงบริการ

ดังนั้นในปี พ.ศ. 2517 พระพุทธพจนวราภรณ์ (ขณะนั้นท่านมีสมณศักดิ์เป็น พระราชวินยาภรณ์) จึงได้ร่วมมือกับชาวพุทธกลุ่มหนึ่งที่มีศรัทธา และต้องการอุทิศตัวเองเพื่อสนับสนุนการดำเนิน งานทางด้านชนบท จัดตั้ง “มูลนิธิศึกษาพัฒนาชนบท” ขึ้น และได้รับอนุญาตให้จดทะเบียนลำดับที่ 911 เมื่อวันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2518 ต่อมาเมื่อท่านได้รับแต่งตั้งให้ไปรักษาการเป็นเจ้าอาวาส วัดป่าดาราภิรมย์ อำเภอแม่ริม จังหวัดเชียงใหม่ จึงได้ย้ายที่ทำการมูลนิธิไปอยู่ที่วัดป่าดาราภิรมย์เป็น การถาวรตั้งแต่ปี พ.ศ. 2521งานพัฒนาของมูลนิธิฯ ได้ดำเนินก้าวหน้าขึ้นมาเป็นลำดับ ด้วยการพัฒนาแบบผสมผสานและครบวงจรในระดับหมู่บ้าน โดยขยายขอบเขตของพื้นที่ดำเนินงานอยู่ใน 3 จังหวัด คือ เชียงใหม่ ลำพูน และแม่ฮ่องสอน มีความมุ่งหมายที่จะส่งเสริมการพัฒนาคุณภาพชีวิต อาชีพ การศึกษาและสิ่งแวดล้อม อันหมายถึงท้องถิ่นของเกษตรกรที่ยากจนในชนบทให้อยู่ดีกินดี มีความรู้ความสามารถในการปรับปรุงแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นกับชุมชน มีการรวมกลุ่มกันทำงาน ช่วยเหลือพึ่งพาซึ่งกันและกัน และมีจิตสำนึกในการพิทักษ์ทรัพยากร และผลประโยชน์ของคนในชุมชนร่วมกัน รวมทั้งรู้จักดำเนินชีวิตให้ถูกต้องตามหลักคำสอนในทางพระพุทธศาสนา

การดำเนินงานสนับสนุนและส่งเสริมกลุ่มเป้าหมายให้บรรลุผลได้ มูลนิธิฯ ได้วางแนวทางในการส่งเสริมไว้ดังต่อไปนี้ (สมนึก ถิระผะลิกะ, 2538)

1. ส่งเสริมองค์กรชาวบ้านให้เข้มแข็ง เนื่องจากตระหนักว่า การพัฒนาแบบรวมศูนย์จากส่วนกลาง ทำให้คนในชุมชนถูกลดศักยภาพลงเรื่อยๆ ภูมิปัญญาท้องถิ่นเลือนหายไป องค์กรชาวบ้านเดิมอ่อนตัวลง ชาวบ้านเกิดความรู้สึกพึ่งพาความช่วยเหลือจากหน่วยงานภายนอกมากขึ้น ดังนั้นมูลนิธิฯ เห็นว่าการแก้ไขปัญหาชุมชนจำเป็นต้องให้ความสำคัญกับการส่งเสริมอำนาจการพึ่งพาตนเองของคนในชุมชนเป็นสำคัญ
2. ให้การศึกษาที่เหมาะสมกับคนในชุมชน เป้าหมายที่สำคัญก็เพื่อปลูกฝังจิตสำนึกของคนในชุมชน ร่วมมือกันแก้ไขปัญหาในชุมชนที่ตนอาศัยอยู่ ทั้งทางด้านเศรษฐกิจ สังคม และคุณภาพชีวิตโดยอาศัยการศึกษานอกระบบเข้าช่วย
3. วัดหรือพระสงฆ์ คือผู้นำในการพัฒนาสังคม เพื่อส่งเสริมให้พระสงฆ์เข้ามามีบทบาทในการพัฒนา ทั้งในฐานะของผู้ชี้แนะการประพฤติปฏิบัติให้แก่ประชาชน ไม่ให้หลงใหลไปกับกระแสวัตถุนิยมจนเกินขอบเขต และในฐานะของผู้ส่งเสริมการแก้ไขปัญหาปากท้องของคนยากจนที่ยังไม่สามารถพึ่งตนเองได้

หลักการดำเนินงานของมูลนิธิศึกษาพัฒนาชนบท คือ “ส่งเสริมกสิกร มุ่งสอนวิทยา ดำรงศาสนา พัฒนาท้องถิ่น”

1. ส่งเสริมกสิกร มุ่งส่งเสริมสนับสนุนในการรวมกลุ่ม จัดตั้งองค์กรชาวบ้านให้เข้มแข็ง ก่อตั้งกองทุน หรือสถาบันในทางเศรษฐกิจของชุมชน โดยหลักการและวิธีการสหกรณ์ ส่งเสริมกิจกรรม โครงการทางการเกษตรกรรมในหน่วยเกษตรพัฒนา ส่งเสริมกิจกรรมโครงการทางด้านงานหัตถกรรม งานฝีมือในหน่วยเมตตานารี
2. มุ่งสอนวิทยา มุ่งให้การศึกษาเพื่อเพิ่มพูนสติปัญญาความรู้ ทักษะ ความสามารถในการผลิต และการบริหาร การจัดการในรูปแบบการอบรม สัมมนา ทัศนศึกษา ดูงาน การสาธิต โดยมีเจ้าหน้าที่ของมูลนิธิฯ เป็นคู่คิด ประสานงาน และให้คำปรึกษา
3. ดำรงศาสนา การนำหลักธรรมคำสั่งสอนในทางพระพุทธศาสนา มาประยุกต์ใช้ในการพัฒนาชนบท เพื่อแก้ปัญหาทางด้านจิตใจ ในรูปแบบของการอบรมสอดแทรกธรรมะ ข้อคิดตามโอกาสต่างๆ โดยประธานมูลนิธิฯ (พระพุทธพจนวราภรณ์) ตัวแทนพระสงฆ์ที่อยู่ในชุมชน เจ้าหน้าที่ พร้อมกับคัดเลือกธรรมะมาเป็นคุณสมบัติของสมาชิก รวม 4 ข้อ คือ (1) เพิ่มพูนความขยัน (ขยัน) (2) แข่งขันกันประหยัด (ประหยัด) (3) ฝึกหัดทำความดี ซื่อสัตย์) (4) สามัคคีร่วมชาติ (สามัคคี) สนับสนุนให้พระสงฆ์มีส่วนร่วมในการพัฒนาชุมชน ในด้านการจัดให้มีการศึกษาอบรมเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ และสนับสนุนกิจกรรมที่พระสงฆ์แต่ละรูปคิดขึ้น หรือดำเนินการอยู่และสอดคล้องกับนโยบายของมูลนิธิฯ ด้วยการจัดตั้ง “กลุ่มสังฆพัฒนาชุมชนล้านนา” ขึ้นมา
4. พัฒนาท้องถิ่น มุ่งสนับสนุนให้ชาวบ้านในชนบทเกิดสำนึกที่รักและหวงแหนอาชีพ เพื่อนบ้าน วัฒนธรรม ประเพณี และสิ่งแวดล้อม ไม่คิดละทิ้งถิ่นฐาน มีการอนุรักษ์พัฒนาฟื้นฟูอยู่อย่างต่อเนื่อง ภายใต้ความคิดที่ว่า “ไม่หลงของเก่า ไม่เมาของใหม่” (ธันยวัฒน์ รัตนสัค, 2546)

สำหรับการดำเนินงานภาคปฏิบัตินั้น มูลนิธิฯ แบ่งการดำเนินงานออกเป็น 3 หน่วยงาน คือ หน่วยเกษตรพัฒนา หน่วยเมตตานารี และสำนักงานมูลนิธิศึกษาพัฒนาชนบท (อธินันท์ อ่ำบุญ, 2540) โดยหน่วยเกษตรพัฒนา เป็นหน่วยงานที่ปฏิบัติงานในพื้นที่หมู่บ้าน เขตจังหวัดเชียงใหม่ ลำพูน และแม่ฮ่องสอน โดยมีเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานสนาม เข้าไปเป็นผู้ประสานงานประจำหมู่บ้านร่วมกับคณะกรรมการหมู่บ้าน หน่วยเกษตรพัฒนามีเป้าหมายที่จะส่งเสริมและ สนับสนุนให้สมาชิกที่เป็นเกษตรกรในพื้นที่เป้าหมายมีความรู้ ความสามารถทางการผลิต และการจัดการผลผลิตงานทางด้านการเกษตรกรรม ทั้งในระบบการเกษตรเชิงอนุรักษ์ และการเกษตรแผนใหม่ได้อย่างมีประสิทธิภาพ มีการจัดองค์กรเพื่อสนับสนุนช่วยเหลือซึ่งกันและกันในหมู่บ้าน และมีการรวมตัวกันเป็นกลุ่มเครือข่ายตามรูปแบบและวิธีการสหกรณ์ โดยประกอบด้วยโครงการต่างๆ ได้แก่ โครงการส่งเสริมและฝึกอบรมทางด้านการเกษตร และการจัดการกลุ่ม โครงการเงินทุนหมุนเวียน โครงการศูนย์เด็กก่อนวัยเรียน โครงการธนาคารควาย – วัว โครงการธนาคารข้าว

หน่วยเมตตานารี เป็นหน่วยงานที่มุ่งส่งเสริมกลุ่มเป้าหมายที่เป็นเยาวสตรี และแม่บ้าน ให้มีบทบาทในการพัฒนาชุมชนร่วมกับงานในหน่วยเกษตรพัฒนา โดยเน้นการรวมกลุ่มสตรี และส่งเสริมความรู้ วิชาชีพหัตถกรรม และงานฝีมือประเภทต่างๆ เพื่อเป็นอาชีพและเพิ่มรายได้ให้แก่ครอบครัว นอกเหนือจากงานภาคเกษตรกรรม

พระพุทธพจนวราภรณ์ได้ดำริว่าสังคมพัฒนาที่แท้จริง คือ เศรษฐกิจและจิตใจ ต้องแก้ไขพร้อมกัน การแก้ไขปัญหาสังคมจะต้องให้ความสำคัญต่อกลุ่มคนที่มีปัญหามากที่สุดลำดับแรก นั่นคือ กลุ่มคนที่ยากจนโดยเฉพาะที่อยู่ในชนบท ปัญหาสังคมเมืองที่กำลังแออัดด้วยการพัฒนาวัตถุจนเกินขอบเขต และการหลั่งไหลเข้ามาของคนในชนบท เป็นเครื่องยืนยันชัดเจนว่าการพัฒนาชนบทที่ผ่านมาประสบความล้มเหลว คนในชนบทไม่สามารถพึ่งตนเองและมิได้รับการส่งเสริมให้สามารถครองชีพได้อย่างปกติ บนพื้นฐานอาชีพการเกษตร เมื่อชาวบ้านในชนบทถูกละเลย อีกทั้งแนวคิดการพัฒนาในลักษณะก่อให้เกิดความรู้สึกพึ่งพาความช่วยเหลือจากภายนอก เช่นนี้ทำให้ต้องถูกเอารัดเอาเปรียบอย่างไม่มีที่สิ้นสุด

ทิศทางการพัฒนาชนบทอย่างแท้จริงจึงอยู่ที่การส่งเสริมให้เกิดการรวมตัวของชาวบ้านให้เป็นองค์กรอย่างเข้มแข็ง มีอำนาจตัดสินใจในการเลือกวิธีทางการพัฒนาให้สอดคล้องกับปัญหาของชุมชนของตนเอง องค์กร หรือหน่วยงานภายนอกจะต้องทำหน้าที่ในการเอื้ออำนวยให้ชาวบ้านเกิดความรู้สึกพึ่งตนเอง ไม่กำหนดแบบแผนการเปลี่ยนแปลงชุมชนในลักษณะตายตัว ดังที่นิยมปฏิบัติทั่วไปเช่นนี้ จึงจะเป็นการพัฒนาแบบยั่งยืนอย่างแท้จริง

ปัจจุบันมูลนิธิฯ เป็นองค์กรพัฒนาเอกชนที่ได้รับการยอมรับในการพัฒนาชนบทมากองค์กรหนึ่งทั้งในระดับภูมิภาคเดียวกัน และในระดับประเทศ รวมทั้งได้รับการยกย่องในหมู่องค์กรพัฒนาเอกชน และองค์กรสาธารณกุศลจากต่างประเทศหลายองค์กร การดำเนินงานของมูลนิธิฯ ตลอดระยะเวลายี่สิบปี ได้เป็นตัวอย่างหนึ่งของการสร้างพลังชุมชนโดยการนำหลักคำสอนทางพระพุทธศาสนามาผสมผสานกับภูมิปัญญาท้องถิ่น ได้ทำให้ชุมชนในชนบทที่เข้าร่วมโครงการมีความเข้มแข็ง ลดการพึ่งพาจากภายนอกและสามารถพึ่งตนเองได้