งานด้านภาษาบาลีนั้นนับว่าเป็นงานที่ท่านรักและเชี่ยวชาญเป็นพิเศษ ผลงานทางภาษาบาลีของท่านล้วนเป็นงานชั้นบุกเบิก และไม่ซำแบบใคร เท่าที่สามารถรวบรวมได้ขณะนี้ คือ

1. ธาตุพนมกัจจายน์ แปลคัมภีร์กัจจายนธาตุเป็นภาษาไทย พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2456
2. พระมูลกัจจายนสูตร แปลมูลกัจจายนสูตรเป็นภาษาไทย พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2457
3. รัตนพิมพวงศ์ ตำนานพระแก้วมรกต แปลเมื่อ พ.ศ. 2449 และพิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2455
4. มูลกัจจายนอุณาทิ (ชื่อเป็นอักษรขอม) แปลคัมภีร์กัจจายนอุณาทิเป็นภาษาไทย พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2458
5. หนังสือ พระบาฬีลิปิกรม แปลลำดับศัพท์คำบาฬีเป็นไทย เป็นพจนานุกรมบาลี-ไทย ที่เรียบเรียงโดยคนไทยเล่มแรก บรรจุคำบาลีไว้ถึง 64,000 คำ มีความหนาถึง 2000 หน้า พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2459 หนังสือเล่มนี้ท่านใช้เวลาในการเรียบเรียง 4 ปี และใช้เวลาในการเรียงพิมพ์และตรวจทานจนพิมพ์เสร็จเรียบร้อยอีก 4 ปี

ส่วนงานแปลภาษาบาลีเป็นไทยนั้น ท่านก็ได้ทำไว้เป็นจำนวนมาก เท่าที่รวบรวมได้ขณะนี้คือ

1. ตำนานพระพุทธสิหิงค์ แปลเมื่อ พ.ศ. 2449 พิมพ์เป็นครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2475
2. ศุภอักษรอัครมหาเสนาบดีไทยมีไปถึงอัครมหาเสนาบดีลังกา และพิมพ์ครั้งแรก (ในเรื่องประดิษฐานพระสงฆ์สยามวงศ์ในลังกาทวีป) เมื่อ พ.ศ. 2457
3. จามเทวีวงศ์ พงศาวดารเมืองหริภุญไชย พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2463
4. คัมภีร์มหาวงศ์ พงศาวดารลังกา พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2463
5. สังคีติยวงศ์ พงศาวดารเรื่องการสังคายนาพระธรรมวินัย พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2466
6. สมณศาสน พระเถระธรรมยุติกามีไปยังลังกาทวีป พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2468

งานแปลด้านภาษาสันสกฤต ก็น่าจะมีจำนวนหลายเรื่องเช่นกัน แต่ที่พบในขณะนี้มี 2 เรื่อง

1. ลลิตวิสตร ปฐมสมโพธิฝ่ายมหายาน แปลและพิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2453 (ร.ศ.129)
2. สุขาวดีวยุหมหายานสูตร พิมพ์ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2463

ส่วนงานเรียบเรียงนั้น เท่าที่รวบรวมได้ในขณะนี้ 5 เรื่อง คือ

1. ปทานุกรม ฉบับกระทรวงธรรมการ เรียบเรียงเสร็จเมื่อ พ.ศ. 2434
2. เรื่องโบราณศึกษา พิมพ์ครั้งแรกในหนังสือวชิรญาณเมื่อ พ.ศ. 2439
3. หนังสือ ทศชาดก (เรื่องพระเจ้า 10 ชาติ) ลำนำกลอนสวด เรียบเรียง พ.ศ. 2442
4. 200 ปี สุนทรภู่และตำนานเมืองเพชรบุรี เรียบเรียงเมื่อ พ.ศ. 2456
5. ตำนานเมืองเพชรบุรี เรียบเรียงเมื่อ พ.ศ. 2464

ผลงานของพระยาปริยัติธรรมธาดา ทุกเรื่องนับว่าทรงคุณค่าทางวิชาการและเป็นงานที่แสดงถึงภูมิปัญญาอันสูงส่งของท่าน สมควรจารึกไว้เป็นตำนานว่า ท่านเป็นเมธีไทยคนหนึ่งในยุครัตนโกสินทร์