ในปี พ.ศ. 2440 พระยาโบราณราชธานินทร์ เมื่อครั้งยังมีบรรดาศักดิ์เป็นหลวงอนุรักษ์ภูเบศร ได้สมรสกับนางสาวจำเริญ (สกุลเดิม อินทุสุต) ธิดาพระเทพเยนทร์ (ถนอม อินทุสุต) กับนางนวม ที่กรุงเทพฯ มีบุตรธิดาด้วยกัน 5 คนคือ

1. นายพืชน์ เดชะคุปต์ อดีตผู้ช่วยข้าหลวงตรวจการกรมหมาดไทย กระทรวงมหาดไทย
2. นางเทพอักษร (พันธ์ อินทุสุต)
3. นางพูน อารยะกุล
4. นางสาวเพ็ญ เดชะคุปต์
5. นางสาวพัฒน์ เดชะคุปต์

นอกจากนี้พระยาโบราณราชธานินทร์ยังมีบุตรธิดากับภรรยาท่านอื่นอีก 11 คน คือ

1. นายจั่นเพชร เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางกิ่ง)
2. นางเพิ่มศรี สุขสวัสดิ์ ณ อยุธยา (มารดาชื่อนางประยูร)
3. นายพฤทธิ์ เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางประยูร) อดีตสมุห์บัญชี อ.เมืองลำปาง
4. นางสาวน้อม เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางถนอม)
5. นายนันท์ เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางถนอม)
6. นางอนงค์ เหมะกรม (มารดาชื่อนางถนอม)
7. นายมานพ เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางเจิม)
8. พันตำรวจโทวิรัตน์ เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางเจิม)
9. นางสมบูรณ์ ทรรพมัทย์ (มารดาชื่อนางสุวรรณ)
10. นายดำรง เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางสุวรรณ) อดีตปลัดจังหวัดระนอง
11. รองศาสตราจารย์วรรณศิริ เดชะคุปต์ (มารดาชื่อนางสุวรรณ) ข้าราชการบำนาญ ทบวงมหาวิทยาลัย

ปัจจุบันยังคงเหลือบุตรที่ยังชีวิตอยู่สองท่าน คือ นางสมบูรณ์ ทรรพมัทย์ และ รองศาสตราจารย์วรรณศิริ เดชะคุปต์