มหาอำมาตย์โท นายหมู่ใหญ่ พระยาโบราณราชธานินทร์ สยามินทรภักดีพิริยพาหะ มีนามเดิมว่า พร เดชะคุปต์ เกิดเมื่อวันพุธที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2414 ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่บ้านริมคลองบางกอกน้อย ธนบุรี โดยเป็นบุตรขุนฤทธิ์ดรุณเสรฐ (เดช เดชะคุปต์) สารวัตรใหญ่มหาดเล็กเวรฤทธิ์ กับ นางฤทธิ์ดรุณเสรฐ (ไผ่ สกุลเดิม กันตามะระ) มีพี่น้องร่วมบิดามารดาเดียวกัน 6 คน คือ

1. หลวงประชุมบรรณสาร (พิณ เดชะคุปต์) รับราชการกระทรวงกลาโหม
2. พระยาพิพิธภักดี (เพิ่ม เดชะคุปต์) รับราชการกระทรวงมหาดไทย
3. นางสาวใย เดชะคุปต์
4. พระยาโบราณราชธานินทร์ฯ (พร เดชะคุปต์) รับราชการกระทรวงมหาดไทย
5. นางอภิรักษสมบัติ (เรือน ดิษยรักษ์)
6. นายพล เดชะคุปต์

ในวัยเด็ก พระยาโบราณราชธานินทร์ได้รับการศึกษาที่วัดยี่ส่าย ต่อมาบิดาได้ถวายตัวเป็นมหาดเล็กในสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ สยามมกุฎราชกุมาร ระหว่างนี้ได้ศึกษาเล่าเรียนกับพระยาศรีสุนทรโวหาร และเมื่อมีการจัดการศึกษาสมัยใหม่อย่างตะวันตก บิดาจึงได้นำไปถวายตัวกับสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ และได้เข้าเรียนที่โรงเรียนพระตำหนักสวนกุหลาบ ในพระบรมมหาราชวัง เมื่อสำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนพระตำหนักสวนกุหลาบในปี พ.ศ. 2432 จึงได้เป็นครูช่วยสอนที่โรงเรียนพระตำหนักสวนกุหลาบจนกระทั่งได้เริ่มเข้ารับราชการในปีถัดมา