ต่อมาหลวงปู่โต๊ะ ได้ออกธุดงค์จาริกไปทั้วทุกภาคในประเทศไทย ทั้งภาคเหนือ ภาคอีสาน ภาคใต้ ท่านได้ไปศึกษาพระปริยัติธรรม โดยได้ไปฝากตัวเป็นศิษย์กับหลวงพ่อรุ่ง วัดท่ากระบือ เรียนวิชาพุทธาคม และได้ไปฝากตัวเป็นลูกศิษย์กับ หลวงพ่อโหน่ง วัดคลองมะดัน และก็ได้ธุดงค์ไปยังภาคเหนือเพื่อศึกษาวิชากับพระอาจารย์อีกหลายท่าน และในขณะที่ท่านเดินธุดงค์ ท่านก็ได้เรียนวิปัสสนากรรมฐานกับ หลวงพ่อชุ่ม วัดราชสิทธาราม ส่วนสหธรรมิกของท่านที่มีชื่อเสียงได้แก่ หลวงพ่อปาน วัดบางนมโค หลวงพ่อสด วัดปากน้ำ หลวงพ่อแฉ่ง วัดบางพัง หลวงพ่อกล้าย วัดหงส์รัตนาราม และต่อจากนั้น ท่านก็เดินทางไปยังภาคใต้ ไปที่จังหวัดปัตตานี และเมื่อหลวงปู่ท่านกลับมาที่ จังหวัดธนบุรี กลับมายังวัดประดู่ฉิมพลี ท่านก็ได้สร้างพระพุทธบาทจำลอง [3]