หลวงปู่โต๊ะ วัดประดู่ฉิมพลี ท่านได้เริ่มอาพาธด้วยโรคชรา เนื่องจากว่า ตั้งแต่ตอนที่ท่านยังมีชีวิตอยู่ มีผู้คนมานิมนต์ท่านให้ออกมาให้พร หรือ ขอความช่วยเหลือ ท่านจึงไม่ค่อยมีเวลาพักผ่อน สุขภาพท่านจึงไม่ค่อยแข็งแรง แต่ยังพอฉันอระไรได้มาก แม้จะรักษาอย่างดีเท่าใด แต่สุขภาพ กายสังขารของท่านก็ไม่อาจจะทนไหว ท่านได้อาพาธครั้งสุดท้ายเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2524 และก่อนมรณภาพได้เพียง 7 วัน ท่านลุกจากเตียงไม่ได้เลย จนกระทั่งเมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2524 คณะลูกศิษย์ทีเป็นพยาบาล ได้มาถวายรังนกอีก แต่คราวนี้สังเกตได้ว่า แขนของท่าน บวม ท่านอยู่ได้จนกระทั่งเมื่อเวลา 9:55 น. ท่านได้ถึงแก่มรณภาพลงด้วยอาการสงบ รวมสิริอายุได้ 93 ปี 73 พรรษา พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชทรงพระกรุณาโปรดให้เชิญศพไปตั้งที่ศาลา 100 ปี วัดเบญจมบพิตร พระราชทานเกียรติยศศพเป็นพิเศษ เสมอพระราชาคณะชั้นธรรม พระราชทานโกศโถบรรจุศพ พร้อมฉัตรเบญจาเครื่องประกอบเกียรติยศครบทุกประการ พระราชทานพระบรมราชานุเคราะห์แก่การศพโดยตลอด เสด็จฯ ไปทรงเป็นประธานในการทรงบำเพ็ญพระราชกุศล 7 วัน 50 วัน 100 วัน และตามโอกาสอันควรหลายวาระ[5]