หลวงพ่ออุตตมะ เข้ารับรักษาตัวที่ โรงพยาบาลศิริราช ตั้งแต่วันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2547 ด้วยโรคไต โรคหัวใจ โรคปอด สมองขาดเลือดไปเลี้ยง ท่านไม่รู้สึกตัวและไม่สามารถลืมตาเองได้เป็นเวลากว่า 1 ปี จนกระทั่งเกิดอาการติดเชื้ออย่างรุนแรง และมรณภาพจากการติดเชื้อในกระแสโลหิตจากภาวะปอดอักเสบ เมื่อเวลา 7.22 น. ของวันที่ 18 ตุลาคม พ.ศ. 2549 อายุรวม 97 ปี