พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าพระอรุณนิภาคุณากร ทรงเป็นเจ้าอาวาสวัดราชบพิธสถิตมหาสีมารามพระองค์แรก จึงมีพระภาระสำคัญในการอำนวยการก่อสร้างพระอารามให้ยิ่งใหญ่สวยงามสมเป็นพระอารามหลวงประจำรัชกาล ได้เป็นพระอุปัชฌาย์ให้กับกุลบุตรที่เป็นพระราชวงศ์หลายพระองค์ รวมทั้งเป็นคณปูรกะและพระอภิบาลพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเมื่อคราวผนวชในปี พ.ศ. 2416 ทรงเป็นกรรมการเถรสมาคมคณะธรรมยุตชุดแรก[5] ทรงเป็นแม่กองตรวจชำระพระสุตตันตปิฎกในการจัดพิมพ์พระไตรปิฎกฉบับ ร.ศ. 112[6] เป็นพระผู้ก่อตั้งและอุปถัมภ์โรงเรียนวัดราชบพิธเมื่อปีระกา สัปตศก จุลศักราช 1247 ตรงกับ รัตนโกสิทร์ศก 104 หรือปี พ.ศ. 2428 ดังปรากฏหลักฐานรายชื่อโรงเรียนวัดราชบพิธ อยู่ในหนังสือราชกิจจานุเบกษา เล่ม 1 หน้า 139 ทรงเป็นผู้ช่วยอธิบดีในการสอบไล่พระไตรปิฎกในปี พ.ศ. 2437[7] และในปี พ.ศ. 2443 ได้รับโปรดเกล้าฯ ให้เป็นอธิบดีในการสอบพระปริยัติธรรม ณ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม