พระองค์เจ้าขุนเณร เป็นพระโอรสของ พระอินทรรักษา หรือหม่อมเสม ซึ่งเป็นพระภัสดาของสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ กรมพระเทพสุดาวดี พระภคินีเธอใน พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระองค์เจ้าขุนเณร ทรงเป็นเจ้านายนอกพระราชวงศ์จักรี เพราะพระชาติประสูติของพระองค์นั้นเกิดกับหญิงสามัญ ซึ่งเป็นอนุภริยาในพระอินทรรักษา สำหรับพระองค์เจ้าขุนเณร นับว่าเป็นเจ้านายที่พระปรีชาการศึกสงครามพระองค์หนึ่ง ทรงประทับที่วังบ้านปูน แต่พระชีวประวัติเท่าที่สืบค้นมีน้อยมาก ไม่มีระบุเหตุของการสิ้นพระชนม์

สำหรับพระประวัติของพระองค์เจ้าขุนเณรในการรบที่สำคัญ มีดังนี้

๑. การรบในสมัยสงครามเก้าทัพ กรณียกิจที่ปรากฏชัดเจนและมีความสำคัญยิ่งขึ้น คือ เหตุการณ์ในการทำสงครามกับพม่า ที่เรียกว่าสงครามเก้าทัพ ณ เมืองกาญจนบุรี ในปี พ.ศ. ๒๓๒๘ ในแผ่นดินสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระองค์เจ้าขุนเณรได้รับหน้าที่เฉพาะกิจโดย กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาทโปรดเกล้าฯ ให้เป็นหัวหน้ากองโจร คอยทำลายกองกำลังของพม่า ตัดกำลัง แย่งชิงเสบียงอาหารและยุทโธปกรณ์ของพม่า รบกวน รังควานแย่งชิง ทำลายกองเกวียนกองช้างกองม้าที่นำเสบียงมาจากเมืองเมาะตะมะ เมืองทวาย และตะนาวศรี นำกำลังเข้าไปทางบก และทางน้ำแทรกซึมเข้าไปในพื้นที่ตั้งของข้าศึก และอาศัยภูมิประเทศ เหตุการณ์ดินฟ้าอากาศในขณะนั้น จู่โจม โจมตีทำลาย และจับกุมกำลังทหารของพม่า ทำให้ข้าศึกพะวักพะวน ต้องดึงกำลังมารักษาพื้นที่ส่วนหลังมากขึ้น เป็นการทำลายขวัญของพม่าให้ลดถอยในการสู้รบ พระองค์เจ้าขุนเณรใช้กองทัพนินจาที่พระองค์ทรงฝึกเองเพียง ๑,๘๐๐ คนเท่านั้น ที่จะต้องยันกองทัพพม่า ที่ยกมาเป็นจำนวนนับแสน ซึ่งในการปฏิบัติงานสำคัญ เป็นภารกิจเสี่ยงต่อภัยอันตรายตลอดเวลา ยากที่กำลังพลปกติทั่วไปจะกระทำได้สำเร็จ

๒. สงครามปราบเจ้าอนุวงศ์เวียงจันทน์ กรณียกิจครั้งสุดท้ายของพระเจ้าขุนเณร ในแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ จากเอกสารของ ฯขุนนคเรศฯ เรื่อง "บันทึกลับ เจ้าพระยาบดินทร์เดชาฯ " ได้พบพระนามของพระองค์เจ้าขุนเณรอีก ได้พิจารณาข้อความตอนหนึ่งที่ขุนนางผู้ใหญ่ ได้นำหนังสือกราบบังคมทูลถึงการปฏิบัติการรบกับกองทัพพระเจ้าอนุเวียงจันทน์ ในฐานะกองโจร และกรมพระราชวังบวรสถานมงคลแม่ทัพหลวงทรงตรัสว่า “ พระองค์เจ้าขุนเณรเขาเคยได้กระทำการศึกสงครามชำนิชำนาญ มาแต่ครั้งแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระพุทธเจ้าหลวง แต่ครั้งท่านเสด็จไปตีพม่าที่เขาชะงุ้ม ราชบุรี ครั้งนั้น พระองค์เจ้าขุนเณรเขาได้เป็นนายทัพกองโจรไปตีกองลำเลียงพม่า เขาเคยมีชัยชนะมาแล้ว ” ยังมีข้อความตอนหนึ่งกล่าวว่าในปี พ.ศ. ๒๔๖๙ สันนิษฐานว่าพระองค์เจ้าขุนเณรมีพระชนมายุเกิน ๖๐ พรรษา และได้รับโปรดเกล้าฯ ให้เป็นนายทัพกองโจรคุมกำลังกองโจร ซึ่งเป็นคนพม่า คนทวาย และเป็นนักโทษมาแล้ว จำนวน ๕๐๐ คน ภายหลังให้ทหารเมืองนครราชสีมามารวมด้วยอีก ๕๐๐ คน โดยให้พระณรงค์สงครามเป็นหัวหน้า