เจ้าชายคริสเตียน เฟรเดอริคทรงอภิเษกสมรสกับดัสเชสชาร์ล็อต เฟรเดอริกาแห่งเม็คเคลนบวร์ก-ชเวรีน ผู้เป็นพระญาติ ในวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2349 ณ เมืองลุดวิดสลัสท์ ดัสเชสชาร์ล็อตเป็นพระราชธิดาในแกรนด์ดยุกเฟรเดอริค ฟรานซิสที่ 2 แห่งเม็คเคลนบวร์กกับเจ้าหญิงหลุยส์แห่งแซ็กซ์-ก็อตธา-เอลเทนบูร์ก พระองค์มีพระโอรสร่วมกันสองพระองค์คือ เจ้าชายคริสเตียน เฟรเดอริคและเจ้าชายเฟรเดอริค คาร์ล คริสเตียน เจ้าชายคริสเตียน เฟรเดอริคทรงสิ้นพระชนม์ตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์ในวันที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2350 ณ ปราสาทโพลน ส่วนเจ้าชายเฟรเดอริค คาร์ล คริสเตียนทรงดำรงพระชนม์ชีพต่อมาจนเจริญพระชันษาและในเวลาต่อมาคือ พระเจ้าเฟรเดอริกที่ 7 แห่งเดนมาร์ก การอภิเษกสมรสครั้งนี้เป็นไปไม่ได้ด้วยดี เนื่องจากดัสเชสชาร์ล็อตทรงมีเรื่องอื้อฉาวกับนักร้องชาวสวิส คือ ฌอง แบ็ปติสท์ เอตัวอาร์ต ดู พีย์ เมื่อเจ้าชายทรงรู้เข้าพระองค์ก็ทรงพิโรธมากและทรงหย่ากับดัสเชสชาร์ล็อตในปีพ.ศ. 2353 หลังจากทรงอภิเษกสมรสมาเป็นเวลา 4 ปี และพระองค์ทรงไม่อนุญาตให้ดัสเชสพบกับพระโอรสอีก แม้พระนางจะทรงวิงวอนก็ตาม หลังจากนั้นพระนางก็ยังทรงมีเรื่องอื้อฉาวมากมายจนกระทั่งสิ้นพระชนม์