พระเจ้าจุงจงพระราชสมภพเมื่อปีค.ศ. 1488 เป็นพระราชโอรสพระเจ้าซองจง และพระนางจองฮยอน ตระกูลยุน ได้รับพระนามว่า เจ้าชายจินซอง (진성대군, 晉城大君) เจ้าชายจินซองมีพระเชษฐาต่างพระราชมารดาเป็นรัชทายาทอยู่แล้วขึ้นครองราชย์ในปี ค.ศ. 1494 ภายหลังเป็นเจ้าชายยอนซันแต่หลังจากเหตุการณ์สังหารหมู่ปราชญ์ปีคัปจา เจ้าชายยอนซันประพฤติองค์เหลวแหลกไม่สนพระทัยกิจการบ้านเมืองจนเกิดกลียุค จนเมื่อค.ศ. 1506 คณะรัฐประหารนำโดย พัควอนจง (박원종, 朴元宗) ซองฮีอัน (성희안, 成希顔) ยูซุนจอง (유순정, 柳順汀) ฯลฯ นำกำลังทหารเข้าบุกยึดพระราชวังคยองบก ถอดเจ้าชายยอนซันจากราชสมบัติและขอคำรับรองจากพระนางจองฮยอนหรือพระพันปีจาซุน (자순대비, 慈順大妃) ในการยกเจ้าชายจินซองขึ้นเป็นพระมหากษัตริย์องค์ใหม่ เหตุการณ์นี้เรียกว่า รัฐประหารพระเจ้าจุงจง (중종반정, 中宗反正)

หลังจากที่พระเจ้าจุงจงขึ้นครองราชย์ได้เพียงเจ็ดวันก็เกิดเหตุการณ์ปลดพระมเหสีตระกูลชิน เนื่องจากบิดาของพระมเหสีคือชินซูกึน (신수근, 愼守勤) ซึ่งเป็นราชเลขานุการในรัชสมัยของเจ้าชายยอนซันและได้ถูกสังหารไปในเหตุการณ์รัฐประหารพระเจ้าจุงจงคณะรัฐประหารเกรงว่าพระมเหสีจะแก้แค้นให้กับพระบิดาจึงปลดพระมเหสีชินออกจากตำแหน่งและเนรเทศไปนอกวังไปในค.ศ. 1506 (ต่อมาในรัชสมัยของพระเจ้ายองโจแห่งโชซอน จึงได้รับตำแหน่งคืนเป็นพระนางทันกยอง (단경왕후, 端敬王后))