โตโร นครของเอลบิรา พระขนิษฐาของพระเจ้าซันโช แตกตั้งแต่ปี ค.ศ. 1072 แต่การคุ้มกันนครซาโมราของอูร์รากา พระเชษฐภคินีที่ทำได้ดีกว่าหยุดกลางคันเมื่อเบยิโด อาโดลโฟ ขุนนางซาโมรา แสร้งทำเป็นหนีทหารเข้ามาในค่ายทหารของพระเจ้าซันโช โดยขอพูดคุยเป็นการส่วนตัวกับพระเจ้าซันโชเพื่อบอกจุดอ่อนในการป้องกันตนเองของซาโมรา เมื่ออยู่ต่อหน้าพระเจ้าซันโช เบยิโดลอบสังหารพระองค์โดยใช้ดาบของตนแทงเข้าไปที่หลังของพระองค์ เบยิโดถูกเอลซิดไล่ตามไปจนถึงซาโมราแต่ก็หนีเข้าเมืองไปได้ ราชอาณาจักรของซันโชถูกสืบทอดต่อโดยพระเจ้าอัลฟอนโซ พระอนุชาที่ก่อนหน้านี้ถูกปลดออกจากตำแหน่ง[3] การ์ซิอาที่ถูกล่อหลอกให้กลับจากการลี้ภัยถูกพระเจ้าอัลฟอนโซสั่งจำคุกตลอดชีวิต ทำให้พระเจ้าอัลฟอนโซได้ควบคุมอาณาเขตที่กลับมารวมกันอีกครั้งของพระบิดาโดยไร้คู่แข่ง ต่อมาทรงยึดตำแหน่งของพระบิดาเป็นจักรพรรดิแห่งสเปนทั้งหมด

พระเจ้าซันโชถูกฝังในอารามพระผู้ช่วยให้รอดแห่งออญญา