สงครามอิมิจินได้พิสูจน์ให้เห็นแล้วว่าพระเจ้าซ็อนโจละเลยหน้าที่ในฐานะผู้นำประเทศ เพราะขณะที่ขุนพลทั้งหลายต่อสู้กับญี่ปุ่นแต่หลบหนีไปจีน และที่กระทำกับลีซุนชินนั้นก็เป็นการขัดขวางความสำเร็จของโชซ็อน ทำให้นักประวัติศาสตร์กล่าวว่าทรงเป็นหนึ่งในกษัตริย์เกาหลีที่อ่อนแอ

สำหรับสงครามการเมืองนั้น ฝ่ายตะวันออกมีชัย เพราะหลังจากผ่านสงครามมาทำให้ประเทศต้องการการเปลี่ยนแปลงปฏิรูป ซึ่งฝ่ายตะวันตกที่หัวโบราณไม่อาจจะแก้ไขปัญหาที่ประสบอยู่ได้ แต่ฝ่ายตะวันออกนั้นเร่งรัดการปฏิรูปจนยูซองนยองเสนอว่าไม่ควรจะปฏิรูปให้เร็วเกินไป ชะลอลงบ้าง เพราะยูซองนยองอาศัยอยู่ทางใต้ จึงเรียกฝ่ายสนับสนุนยูซองนยองว่าฝ่ายใต้ (นัมอิน) ส่วนที่เหลือเรียกว่าฝ่ายเหนือ (พุกอิน) และฝ่ายเหนือก็ยังแบ่งอีก เป็นฝ่ายเหนือใหญ่ (แทบุก) และฝ่ายเหนือเล็ก (โซบุก) เป็นการแบ่งฝ่ายอีกครั้ง ทำให้การเมืองโจซ็อนมีหลายพรรคหลายพวก ซึ่งจะขัดขวางความเจริญของประเทศไปอีกหลายร้อยปี

พระเจ้าซ็อนโจเหน็ดเหนื่อยหลังจากผ่านวิกฤตมามาก จึงมอบให้องค์ชายควางแฮว่าราชการแทน แต่เมื่อมเหสีอินมอกประสูติองค์ชายยอนชัง ก็เป็นเหตุให้ฝ่ายเหนือใหญ่และฝ่ายเหนือเล็กขัดแย้งกัน เพราะฝ่ายเหนือใหญ่สนับสนุนองค์ชาวควางแฮ และฝ่ายเหนือเล็กสนับสนุนองค์ชายยอนชัง

พระเจ้าซ็อนโจสวรรคตในวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2151 โดยที่สถานการณ์ทางการเมืองยังคุกรุ่น องค์ชายควางแฮสืบบัลงก์ต่อจากพระองค์