เช่นเดียวกับกษัตริย์เกาหลีองค์อื่น ในระยะแรกของรัชสมัยของพระเจ้าซ็อนโจเป็นกษัตริย์ที่ทุ่มเทเพื่อความเป็นอยู่ของชาวบ้าน และพัฒนาประเทศ เพราะอาณาจักรโชซ็อนประสบปัญหาความอ่อนแอของการปกครองเนื่องจากเหตุการณ์ตั้งแต่สมัยเจ้าชายยอนซัน สมัยพระเจ้าจุงจงที่ทรงไม่มีอำนาจปกครอง การแก่งแย่งอำนาจของฝ่ายยุนใหญ่และยุนเล็ก จนถึงการปกครองที่ทุจริตของยุนวอนฮัง พระเจ้าซ็อนโจเปลี่ยนแปลงการสอบควากอ (จอหงวน) ใหม่โดยเพิ่มการสอบเกี่ยวกับรัฐศาสตร์การปกครองและประวัติศาสตร์เข้าไป ซึ่งแต่เดิมมีแต่การสอบปรัชญาขงจื้อและการแต่งกลอนเท่านั้น

เพื่อที่จะพัฒนาประเทศ พระเจ้าซ็อนโจรับเอาปราชญ์กลุ่มซานิมกลับเข้ามารับราชการ ยกย่องขุนนางซานิมเก่าที่เคยถูกลงโทษ เช่น โจกวางโจ และทำลายอำนาจของกลุ่มฮุงงู ในพ.ศ. 2118 ขุนนางซานิมสองคน คือ ชิมอึย-กยอม และคิมฮโยวอน แข่งขันกันเพื่อที่จะแย่งตำแหน่งจองนัง (ขั้น 4) สังกัดฝ่ายบุคคล (อีโจ) ซึ่งเป็นตำแหน่งที่ไม่สูงนักแต่มีอำนาจสามารถแนะนำขุนนางให้ดำรงตำแหน่งต่างๆในซัมซา (ผู้ตรวจรวจการทั้งสาม ประกอบด้วย ซาฮองบู ซากันวาน และฮงมุนวาน) ได้ ชิมอึยกยอมเป็นพระญาติของมเหสี ส่วนคิมฮโยวอนเป็นศิษย์ของลีฮวาง ปราชญ์ขงจื้อชื่อดัง

ขุนนางฝ่ายซานิมจึงแตกออกเป็นสองฝ่าย ฝ่ายที่สนับสนุนชิมอึยกยอม เรียกว่า ฝ่ายตะวันตก (ซออิน) เพราะชิมอึยกยอมอาศัยทางตะวันตกของ ฮันซอง ประกอบด้วยขุนนางอาวุโส เพราะชิมอึยกยอมมีความเกี่ยวดองกับราชวงศ์ จึงมีขุนนางเก่าสนับสนุนมาก ออกไปทางอนุรักษนิยม ขณะที่ฝ่ายที่สนับสนุนคิมฮโยวอนเรียกว่าฝ่ายตะวันออก (ทงอิน) เพราะคิมฮโยวอนอาศัยอยู่ทางตะวันออกของฮันยาง คือพวกขุนนางอายุน้อย เพราะขุนนางรุ่นใหม่กำลังสนใจในปรัชญาแบบใหม่ของลีฮวาง มีความคิดแนวปฏิรูป

จนลีอี หัวหน้าขุนนางซานิมต้องมาไกล่เกลี่ยมิให้มีการแตกแยก โดยการส่งคิมฮโยวอนไปเมืองพูรยอง และส่งชิมอึยกยอมไปเมืองแคซอง เพื่อตัดปัญหา ให้ไปปกครองท้องถิ่นแทน แต่ฝ่ายทงอินกล่าวหาว่าลีอีเข้าข้างฝ่าซออิน เพราะส่งคิมฮโยวอนไปไกลทางเหนือ แต่ส่งชิมอึยกยอมไม่แค่เมืองแคซองใกล้ๆ ฝ่ายตะวันตกมีอำนาจขึ้นมาก่อนเพราะได้รับการสนับสนุนจากขุนนางอาวุโสและพระราชวงศ์ ขณะที่ฝ่ายตะวันออกเรียกร้องให้มีการปฏิรูปแต่ได้รับการปฏิเสธทุกครั้ง ในพ.ศ. 2126 ลีอี ได้รับการแต่งตั้งเป็นเจ้ากรมกลาโหม เห็นว่าพวกแมนจูและญี่ปุ่นสะสมกำลังมากขึ้น โชซ็อนควรเตรียมรับมือให้พร้อมโดยการเพิ่มกำลังกองทัพ แต่ทั้งสองฝ่ายและพระเจ้าซ็อนโจไม่มีใครเห็นด้วยเลย เพราะเชื่อว่าบ้านเมืองจะสงบสุขตลอดไป แต่หารู้ไม่อีกไม่กี่ปีข้างหน้าโชซ็อนจะถูกทั้งญี่ปุ่นและแมนจูบดขยี้จนย่อยยับ ลีอีสิ้นชีวิตในพ.ศ. 2127