เจ้าชายฌูเซฟเสด็จขึ้นครองราชย์เป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสและอัลเกรฟในปีค.ศ. 1750 ขณะมีพระชนมายุ 35 พรรษา หลังจากการเสด็จสวรรคตของพระเจ้าจอห์นที่ 5 แห่งโปรตุเกส พระราชบิดา เฉลิมพระนาม "พระเจ้าฌูเซที่ 1 แห่งโปรตุเกส"หรือในภาษาอังกฤษว่า "พระเจ้าฌูเซฟแห่งโปรตุเกส" และในทันทีเมื่อครองราชย์ พระราชอำนาจของพระองค์กลับไปอยู่ในมือของเซบาสเตียว ฌูเซ เดอ คาร์วาลโฮ อี เมโล ซึ่งเป็นที่รู้จักในนาม "มาควิสแห่งพอมบาล" พระเจ้าฌูเซฟทรงสถาปนาเจ้าหญิงมาเรีย ฟรานซิสกา พระราชธิดาพระองค์ใหญ่เป็นรัชทายาท ในพระอิศริยยศเจ้าหญิงแห่งบราซิล เนื่องมาจากไม่มีพระราชโอรส

มาควิสแห่งพอมบาลซึ่งมีอำนาจมากได้ปรับปรุงระบบเศรษฐกิจ สังคม วัฒนธรรมและอาณานิคมของโปรตุเกส เพื่อให้สามารถเจริญทัดเทียมชาติตะวันตกชาติอื่น ๆ และเพื่อรักษาอำนาจของเขาให้ยืนยงตลอดกาล ต่อมาได้เกิดเหตุการณ์ "เรื่องอื้อฉาวทาวอรา" ซึ่งเป็นเหตุการณ์ลอบปลงพระชนม์พระเจ้าฌูเซฟระหว่างเสด็จตามถนนในกรุงลิสบอน พระองค์ทรงถูกยิงที่พระพาหาและผู้บังคับพาหนะได้รับบาดเจ็บ แต่พระองค์ก็ทรงรอดพระชนม์ชีพมาได้ มาควิสแห่งพอมบาลได้สั่งจับกุมคนตระกูลทาวอราซึ่งมีอิทธิพลทางการเมืองที่เป็นปริปักษ์กับรัฐบาลของมาควิสในตอนนั้นและตกเป็นผู้ต้องสงสัย และเขาได้สั่งขับไล่บาทหลวงคณะเยซูอิต ที่ต้องสงสัยว่ารู้เห็นกับการลอบปลงพระชนม์ในเดือนค.ศ. 1759 ซึ่งทั้งตระกูลทาวอราและคณะเยซูอิตล้วนยเป็นปริปักษ์กับมาควิสทั้งสิ้น ทำให้มาควิสไร้ซึ่งผู้ต่อต้านและเขาได้ควบคุมองค์กรสาธารณะต่าง ๆ และองค์การทางศาสนา ทำให้ประเทศเดินหน้าเข้าสู่ยุคภูมิธรรม

ในรัชสมัยของพระเจ้าฌูเซฟได้เกิดมหันตภัยร้ายแรงคือ แผ่นดินไหวในลิสบอน ค.ศ. 1755 ในวันที่ 1 พฤศจิกายน ค.ศ. 1755 ส่งผลให้มีผู้เสียชีวิตกว่า 100,000 คน แผ่นดินไหวครั้งนี้ส่งผลกระทบต่อพระองค์ทำให้ประชวรด้วยโรคกลัวที่ปิดทึบ(Claustrophobia) ไม่สามารถประทับใกล้ผนังอาคารได้ หลังจากพระราชวังริเบย์ราถูกทำลายจากแผ่นดินไหว พระองค์ได้แปรพระราชฐานไปยังเมืองอาจูดา และทรงสร้างพระตำหนักเล็ก ๆ ที่อาจูดา ทางเมืองหลวงได้รับการฟื้นฟูและพระบรมราชานุสาวรีย์ของพระองค์ไม่พังทลาย ยังคงอยู่ที่จัตุรัสกลางกรุงลิสบอน

พระเจ้าฌูเซฟเสด็จสวรรคตในวันที่ 24 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1777 ขณะมีพระชนมายุ 62 พรรษา เจ้าหญิงมาเรีย ฟรานซิสกาครองราชสมบัติสืบต่อ พระนาม พระราชินีนาถมาเรียที่ 1 แห่งโปรตุเกส และเป็นจุดสิ้นสุดอำนาจของมาควิสแห่งพอมบาล เขาถูกพระราชินีมาเรียปลดออกจากตำแหน่ง เนื่องจากพระนางทรงเกลียดชังเขา เพราะเขาเป็นคนเย่อหยิ่ง ยโสและมีพฤติกรรมรุนแรง และทรงประกาศไม่ให้เขาเข้าใกล้พระนางเป็นระยะ 20 ไมล์