ในปี พ.ศ. 2369 เกิดศึกเจ้าอนุวงศ์ ยกทัพเข้ามายึดนครราชสีมา ในรัชกาลที่ 3 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดฯ ให้กรมขุนพิพิธฯ เป็นแม่ทัพบัญชาการกองทัพ ตั้งทัพสกัดตามชายทุ่ง ตั้งแต่ สามเสน ถึงทุ่งวัวลำพอง (หัวลำโพง) โค้งออกตามชายทุ่งบางกะปิ ไปจรดแม่น้ำเจ้าพระยา กรมพระพิพิธฯ เป็นแม่ทัพทรงตั้งกองบัญชาการอยู่ที่บริเวณวัดแหลม (วัดแหลม หรือ บางที ก็เรียกว่า "วัดไทรทอง" เนื่องด้วยคงมีต้นไทรใหญ่อยู่ในวัดเป็นจำนวนมาก ซึ่งต่อมาวัดแหลม ได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น "วัดเบญจมบพิตรดุสิตวนารามราชวรวิหาร") ทรงวางแนวรบที่สองตามแนวกำแพง พระนครด้านนอก (คลองบางลำภูโค้งไปตามคลองโอ่งอ่าง) แต่กองทัพเวียงจันทน์ พ่ายแพ้กองทัพไทยทุกด้านที่ยกเข้ามา ยังไม่ทันบุกเข้ามาถึงพระนคร

หลังศึกเจ้าอนุวงศ์สงบ กรมพระพิพิธฯ จึงทรงชักชวนเจ้าพี่เจ้าน้องให้ร่วมกันบูรณะวัดแหลม ทรงสร้างพระเจดีย์เรียงรายไว้หน้าวัด 5 องค์ ถึงรัชกาลที่ 4 จึงโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามวัดว่า "วัดเบญจบพิตร" หมายถึงวัดของเจ้านาย 5 พระองค์

ต่อมาถึงรัชกาลที่ 5 พระบาทสมเด็จพระพุทธเจ้าหลวง ทรงซื้อที่ดินราษฎรทางด้านสวนในบริเวณใกล้กับวัดเบญจบพิตร เพื่อทรงสร้างวังส่วนพระองค์ ทรงพระราชดำริว่า วัดเบญจบพิตร นั้น ทรุดโทรมแล้ว จึงทรงถวายที่ดินเป็นที่วิสุงคามสีมา สร้างวัดเบญจบพิตรขึ้นใหม่ ให้งดงามพร้อมสรรพเป็นวัดใหญ่ พระราชทานนามให้ใกล้เคียงชื่อเดิมว่า "วัดเบญจมบพิตร" เติม "ม" ลงไป มีความหมายว่า วัดที่พระเจ้าแผ่นดินพระองค์ที่ 5 ทรงสร้าง